« Malgré des contaminations en hausse, nous sommes en train de sortir de l’exceptionnalité Covid »

The Conversation-France (TCF) : L’épidémie de Covid a disparu des médias en France, mais pas de la population. Quelle est la situation à l’hôpital ? Et qu’en est-il pour les personnes vulnérables qui continuent à être touchées ? Le Pr Karine Lacombe, infectiologue et Cheffe de Service des maladies infectieuses et tropicales (Hôpital Saint-Antoine, Paris), évalue la situation au vu des données disponibles.

TCF : Le Covid, dont tous les variants sont aujourd’hui considérés comme des sous-variants d’Omicron, semble « passé de mode » dans l’actualité. N’y a-t-il vraiment plus rien à dire ?

Karine Lacombe : On ne peut pas dire ça. Même si l’épidémie de Covid n’a plus son impact passé, nous sommes actuellement en reprise épidémique, comme le montrent les derniers chiffres de Santé publique France. Avec pour l’instant pas de réel impact sur le système de santé, parce que depuis plusieurs mois nous avons tout de même eu une diminution du nombre de personnes qui présentent des formes graves et qui doivent être hospitalisées.

Mais l’on continue de voir des personnes qui ont des Covid dits « accessoires », c’est-à-dire qui sont hospitalisées pour autre chose et que l’on découvre être infectées lors des mesures de dépistage automatique que nous effectuons.

Et il y a toujours des formes graves qui nous arrivent, en particulier des personnes immunodéprimées ou qui n’ont reçu aucune vaccination et n’ont jamais été infectées. Bien que ce soit une pandémie avec une diffusion très importante du virus dans la population, il y a encore des gens dans ce cas.

Il est maintenant vraiment avéré que la vaccination a eu un impact très important sur la dynamique épidémique, avec une immunisation globale qui a été renforcée par l’exposition au virus lui-même. Les personnes vaccinées et qui ont été en contact avec le virus ont développé de bonnes réponses immunitaires, qui constitue une espèce de barrière non pas à la diffusion du virus (car ce dernier a acquis de nombreuses mutations qui lui permettent d’échapper en partie aux défenses immunitaires) mais contre les formes graves.

TCF : Vous nous disiez l’an dernier que nous étions en train de sortir de « l’exceptionnalité Covid ». Cette sortie est-elle confirmée, et quelles conséquences ?

Après trois ans d’évolution, on est dans maintenant dans une situation endémique et non plus dans une situation épidémique. Avec un virus qui, peut-être, va devenir saisonnier, c’est encore un peu tôt pour le dire car on continue d’avoir des vagues successives au cours de l’année.

Cependant, les vagues en tant que telles, ces déferlantes que l’on a connues au début, n’existent plus : ce sont davantage des vaguelettes, qui arrivent un peu en continu. Car on a un virus qui continue à se diffuser activement dans la population générale.

En d’autres termes nous passons une transition épidémiologique : soit le passage d’un stade épidémique à un stade endémique, avec un virus respiratoire dont nous sommes le réservoir, qui se transmet de personne à personne et qui évolue… comme tous les autres virus de ce type. Le Covid est devenu une simple pathologie en plus à prendre en charge.

C’est un virus avec lequel on a appris à vivre.

S’il circule moins, le virus, quel que soit le dérivé d’Omicron considéré, circule toujours. Quelles conséquences pour les personnes touchées ?

Les formes qui circulent actuellement nous pose d’importants problèmes sur le plan thérapeutique, car les anticorps monoclonaux comme Evusheld ne sont plus efficaces contre elles. Donc les personnes immunodéprimées, que l’on pouvait précédemment protéger en prophylaxie (pour empêcher l’apparition, le développement ou l’aggravation d’une maladie) avec une injection de ces molécules, se trouvent désormais à nouveau vulnérables.

On a donc un arsenal thérapeutique assez réduit, avec des antiviraux directs comme le remdésivir ou le Paxlovid.

Par contre, nous reprenons un anticorps monoclonal que nous utilisions l’an dernier mais avions ensuite écarté pour cause d’efficacité moindre par rapport à Evusheld sur le plan de la neutralisation du virus : le sotrovimab. Nous y recourons à nouveau, mais à des posologies plus élevées, et chez les patients qui n’ont pas besoin d’oxygène – donc à un stade très précoce.

Mais maintenant que l’on a effectué cette transition épidémiologique, l’autre grande question, au niveau sociétal, ce sont les mesures de prévention. Nous sommes dans un modèle où on vit avec le virus, où la grosse majorité de la population est protégée des formes de grave… Si bien que les mesures de prévention ont été petit à petit abandonnées. Mais il ne faut pas oublier ces personnes en situation de fragilité.

Et le dépistage ne doit pas être oublié.

Qu’il soit en chute dans la population générale fait que l’on minimise l’importance de l’épidémie et de la circulation du virus, car nous n’avons plus autant de données. C’est un choix que l’on a fait pour avoir un retour à une vie normale, où on ne passe pas son temps à se faire dépister… Mais ça a un impact négatif sur notre connaissance de la situation.

Quand on voit une reprise épidémique comme celle actuellement en cours, il faut donc se dire qu’elle est en fait beaucoup plus importante que ce qui est rapporté par les chiffres – puisqu’on ne se fait plus dépister.

Pour les personnes immunodéprimées, mais aussi la population très âgée, qui a des pathologies prédisposant à des formes graves (et les personnes qui vivent à leur contact), il est important de continuer à se faire dépister – et à porter un masque quand on est positif si on côtoie ce public vulnérable : c’est ce qui permet de pouvoir être traité tôt en cas de besoin.

De même, on ne parle plus beaucoup de la vaccination. Pourtant, de nouvelles campagnes de rappel devront sans doute être lancées. Les personnes qui seront les plus concernées sont sans surprise celles dont les défenses immunitaires baissent le plus vite : les personnes âgées, prédisposées à faire des formes graves (surpoids, hypertension, insuffisance rénale, cardiaque, pulmonaire, etc.), immunodéprimées…

TCF : La France a-t-elle tiré des enseignements des années passées ? Qu’est-ce qui, concrètement, devrait être développé ?

L’investissement dans la recherche fondamentale, clinique, épidémiologique… est incontournable. Que ce soit pour trouver de nouveaux traitements, pour doter le pays de moyens de surveillance afin d’identifier rapidement l’apparition de tout nouveau variant – pour ça, il faut notamment des moyens de séquençage haut débit.

Il faut aussi pouvoir mieux s’organiser, et réfléchir maintenant qu’on est en post-crise (au moins en inter-crise) à une meilleure organisation de notre système de soin pour qu’on soit meilleur, plus réactif, pertinent si on devait faire face à une nouvelle vague – soit d’un nouveau variant, soit d’un nouveau virus.

S’il y a pas mal de choses en cours au niveau hospitalier, sur le plan ambulatoire (hors hôpital), c’est encore compliqué. Et l’interface médecine hospitalière – médecine ambulatoire n’a pas encore trouvé son mode de fonctionnement optimal. Il y a des choses à trouver en termes d’organisation des soins.

Peut-être peut-on regarder certaines initiatives prises ailleurs ? Aux États-Unis notamment, à partir du moment où un test Covid est positif, le pharmacien vérifie les indications pour le patient, les interactions médicamenteuses avec son/ses éventuel(s) traitements de fond et il peut délivrance un traitement. Sans avoir à passer par un médecin.

TCF : Vous dites que l’hôpital a déjà pris certaines mesures. De quoi s’agit-il par exemple ?

Cet hiver a été beaucoup plus calme en ce qui concerne le Covid… nous avons été davantage bousculé par la grippe et la bronchiolite. Mais, au niveau hospitalier, nous avons été assez réactifs et avons réactivé nos cellules de crise : des structures mises en place au moment des grosses vagues Covid. Cela nous permet de mieux organiser les soins, à l’intérieur de l’hôpital du moins. Mais sur le plan thérapeutique, il y a toujours de gros progrès à faire tant contre le virus de la grippe que contre le VRS (virus respiratoire syncytial), responsable de la bronchiolite.

De plus, nous avons développé des techniques d’analyse en multiplex : ce qui nous permet de mieux diagnostiquer, et plus vite – des séries de 15 à 20 virus différents par exemple. C’est ainsi que nous avons vu qu’il y avait beaucoup de coinfections VRS-grippe, VRS-Covid, grippe-Covid, rhinovirus-grippe… au milieu de toute cette soupe de virus respiratoires hivernaux.

Ces coinfections ne changent pas vraiment les prises en charge, qui sont surtout symptomatiques pour ce genre de virus. Mais comme ce sont souvent des personnes âgées, ou avec des comorbidités, cela demande des hospitalisations assez longues. Avec le VRS, parfois il faut parfois deux-trois semaines pour que les patients puissent se passer d’un apport en oxygène.

Si les épidémies ont été si fortes cette année, on peut donner des raisons simples. Le VRS est saisonnier (du début de l’hiver) et il se transmet par les mains et l’air : or on se lave moins les mains que lors des deux premières années de la pandémie… Et on n’a plus mis de masque. Il n’y a pas de surprise.

De plus, c’est un virus qui induit des défenses immunitaires peu intenses et qui durent assez peu dans le temps. Le fait qu’on n’ait pas eu de VRS ces deux dernières années peut être corrélé au fait qu’on a de moins bonnes défenses immunitaires – qu’on hérite des contaminations des années antérieures.

Même chose pour la grippe. Avec en plus une vaccination qui a été particulièrement faible, même chez les médecins. Il est difficile d’expliquer pourquoi, car il n’y a pas spécialement de réticence à s’y soumettre. Faut-il y voir une certaine fatigue ?

TCF : Y a-t-il une perspective de « sortir » du Covid ?

L’OMS donne une date de début à une pandémie, pas forcément de date de fin… En fait, cela dépend des types d’épidémies. Pour Ebola, par exemple, il y a une date de fin. Mais pour le Covid, désormais passé en stade endémique, donc présent partout et à bas bruit, c’est plus compliqué.

Toutefois, l’OMS pourrait lever bientôt l’état d’urgence sanitaire au niveau mondial, même s’il y a toujours de nombreux cas. Son comité d’urgence chargé du Covid-19 tiendra sa prochaine réunion en avril, il faudra voir les annonces.

Image d’en-tête : extrait du profil Twitter de Karine Lacombe

Article original paru dans The Conversation.

Pour aller plus loin

mise à jour 18/4/2023 : suppression d’une partie du bandeau standard – ajout de TCF pour la partie questions pour plus de clarté

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The Conversation-France : Le Covid était passé au second plan de l’actualité, mais il refait parler de lui avec la forte remontée des contaminations. Où en est-on finalement de l’épidémie ?

Karine Lacombe : Le virus, actuellement le variant Omicron BA.2, n’a jamais disparu… Sa transmission ne s’est jamais interrompue. Pourtant, malgré l’augmentation par vague des cas positifs, on n’assiste pas à une augmentation en parallèle des hospitalisations et surtout des passages en réanimation.

Ainsi, en Île-de-France, au 23 mars, on avait 294 personnes en soins critiques (108 à l’AP-HP) et 1430 personnes en hospitalisation complète (509 à l’AP-HP). C’est très faible par rapport à ce que l’on a pu connaître…

Clairement, l’épidémie prend un visage différent par rapport à ses débuts. La vaccination massive a eu en ce sens un impact majeur, ceci en moins d’un an.

On a maintenant des articles scientifiques, parus notamment dans le New England Journal of Medecine, qui montre que même si le vaccin protège moins d’Omicron, il y a tout de même une diminution de la transmission chez les personnes vaccinées. Comme c’est un virus hautement contagieux, il persiste bien sûr des contaminations – mais moindre.

On constate également l’effet de la vaccination au niveau des hospitalisations. Entre les personnes triplement vaccinées et celles qui sont doublement vaccinées, il y a moins d’hospitalisation et de décès chez les premières. Et l’immunisation se développe aussi suite à une infection.

D’où le fait que, malgré des transmissions en forte hausse, on reste à un niveau limité d’hospitalisation et de passage en réanimation.

TC-F : Qui, désormais, est donc principalement hospitalisé ?

K.L. : Le profil des personnes qui sont actuellement hospitalisées, qui vont en réanimation et qui décèdent, est complètement différent de ce qui s’observait en début d’épidémie : ce sont majoritairement des personnes très âgées et immunodéprimées.

Pour les premières, il s’agit patients qui étaient déjà en situation de fragilité avec des pathologies associées, une qualité de vie très altérée – avec des situations cardiaque, rénale, neurologique compliquées. On a, chez eux, l’impression qu’attraper le Covid ne se manifeste pas un problème respiratoire comme ce qu’on notait précédemment, mais plus par un basculement, une détérioration de l’état général.

Les secondes sont les personnes qui n’ont pas pu être protégées par la vaccination ou les anticorps monoclonaux. Le variant Omicron BA.2 apparaît assez résistant à la plupart des molécules disponibles – seul Evusheld conservant une efficacité. Elles-mêmes ne font en général pas de forme grave respiratoire, même s’il peut y avoir atteinte pulmonaire.

Ces deux publics fragiles sont également sensibles à la plupart des autres viroses respiratoires – la grippe, mais pas seulement (infections dues aux métapneumovirus, etc.) Chez la plupart des gens, ils donnent des syndromes respiratoires limités qui durent quelques jours, mais qui ici les amènent à l’hôpital avec des pneumonies, etc.

On continue donc de recevoir des patients, mais ça devient peu à peu une pathologie de spécialité : maladies infectieuses, immunodépression… Si on avait un niveau de contamination comme celui que l’on a maintenant, et touchant tout le territoire, avec la pathogénicité que l’on avait lors de la première vague, on serait absolument débordé.

TC-F : Peut-on donc dire que l’on entre dans une nouvelle phase de l’épidémie ?

K.L. : Il semble effectivement que le profil de l’épidémie change : celle-ci devient vraisemblablement endémique. Du fait d’une population désormais très largement immunisée – que ce soit par la vaccination ou par l’exposition au virus suivie de guérison.

Si le Covid nous a appris une leçon, c’est bien qu’il faut rester très humble devant les connaissances qu’on a… Quand je repense aux débuts de la pandémie en France, je me dis qu’on n’aurait jamais pu imaginer à une telle intensité. Jamais je n’aurais cru que dans notre hôpital, on doublerait le nombre de lits et que ce ne serait que du Covid – mais qu’on serait submergé malgré tout. Même quand on en parle maintenant, avec le recul, ça semble être irréel, de la science-fiction. On a été dans une réalité parallèle.

Aujourd’hui, pour l’heure, les signaux semblent plutôt positifs et malgré le très haut niveau de contamination, nous n’avons aucun indicateur qui soit au rouge à l’hôpital.

TC-F : Et ce, finalement, malgré l’absence de traitement…

K.L. En fait, il y a un point dont on ne parle pas beaucoup : le peu de prescriptions de médicaments antiviraux en médecine de ville, alors que l’on dispose maintenant de plusieurs molécules pour traiter de façon précoce le Covid chez les personnes à risque de formes graves. Il s’agit en l’occurrence du Paxlovid (nirmatrelvir/ritonavir).

Difficile encore de comprendre pourquoi. Manque de formation des praticiens ? Manque d’information des patients ? Mais c’est assez frappant.

Si ces traitements ne sont pas parfaits, ils permettent tout de même une diminution des hospitalisations et des décès – d’où une autorisation de mise sur le marché européen puis un accès précoce validé en France. Ils ne limitent pas l’intensité de la réplication virale, mais diminuent de 83 % le risque d’être hospitalisé et de faire une forme grave (en essais thérapeutiques, d’après le dossier d’autorisation de mise sur le marché).

TC-F : La possibilité d’une moindre dangerosité d’Omicron a été évoquée. Que constatez-vous auprès de vos patients ?

K.L. : C’est difficile à dire. Pour déterminer exactement les symptômes d’Omicron, il aurait fallu qu’on puisse analyser uniquement des personnes qui n’ont jamais été en contact avec le virus – non vaccinées et jamais contaminées. Aujourd’hui, cette population est extrêmement limitée : ceux qui attrapent Omicron ont déjà été touchés auparavant ou vaccinés, donc les symptômes sont atténués.

On ne peut pas dire de façon formelle qu’Omicron est moins pathogène en tant que tel… Mais il parait moins l’être aujourd’hui car la population est largement immunisée.

Ce qu’on observe chez les patients, c’est qu’il touche plutôt la sphère ORL, et provoque plus de symptômes types trachéite, angine, catarrhe oculo-nasal (une inflammation aiguë ou chronique d’une muqueuse, ici avec yeux qui pleurent, nez qui coule, etc.). Et l’on a moins de signes neurologiques (beaucoup moins d’anosmie, d’agueusie), moins également de troubles digestifs, rénaux ou pulmonaires.

Mais là encore, l’évaluation de l’atteinte pulmonaire est à prendre avec précaution : les personnes immunodéprimées, qui n’ont pas d’anticorps protecteur, peuvent faire des formes pulmonaires.

Donc peut-être que lorsque l’on a été vacciné et que l’on attrape Omicron, on dispose d’une bonne immunité des voies respiratoires basses ou profondes (poumons, etc.), mais d’une immunité des muqueuses des voies aériennes hautes (sphère ORL) moins bonne. D’où le sentiment que ce dernier ne donne pas tout à fait les mêmes symptômes… En fait, ça pourrait être simplement que l’on n’a pas la même immunité pour y faire face.

On a aussi entendu parler du croup, qui toucherait les enfants. Il s’agit d’un abus de langage. Car le croup, que l’on trouve à l’origine avec la diphtérie, donne une angine avec de très grosses membranes blanches qui occultent le pharynx et peuvent entraîner des asphyxies. Si Omicron, BA.2 notamment, donne des trachéites très particulières, elles ne montrent pas du tout ces fameuses membranes blanches…

TC-F : Une autre inquiétude avait été que le SARS-CoV-2 ne fasse « alliance » avec l’autre fléau viral de l’hiver : la grippe… Absente des médias, la grippe s’est-elle installée en France ?

K.L. : Il y a clairement une vraie épidémie de grippe, qui a commencé vers mi-février – ce qui est assez tardif : en général, on a les premiers cas en décembre avec un pic en février-mars. Là, l’épidémie est toujours en augmentation, on n’est pas encore au pic.

On était à 214 consultations pour infections respiratoires aiguës pour 100 000 habitants sur la semaine du 14 au 20 mars, on est maintenant à 313. De façon plus général, l’augmentation de leur taux d’incidence est liée en particulier à la circulation des virus grippaux, les autres virus respiratoires circulant pour l’heure faiblement… hors SARS-CoV-2, bien sûr.

Nous avons beaucoup de cas, et notamment de grippes graves (pneumonie grippale, avec une surinfection bactérienne). Je suis d’ailleurs très surprise du nombre de cas avec hospitalisation : ça fait longtemps que l’on n’avait pas atteint de tels niveaux.

Est-ce que cela vient du fait que les gens se sont peu vaccinés ? Ou que la grippe échappe cette année à la vaccination ? Ça semble plutôt être la seconde raison.

Il est en effet possible que la composition du vaccin mis sur le marché en octobre dernier ne soit pas optimale. On s’y attendait car l’an dernier il y a eu peu de cas… Or ce type de vaccins est mis au point d’une année sur l’autre en se référant aux souches en circulation précédemment. Les laboratoires n’ont donc pas forcément eu accès à des données suffisantes.

Quant aux risques d’une co-infection grippe-Covid, franchement je pense que c’est un phénomène à la marge. Tous les virus respiratoires peuvent coexister chez une même personne – un rhino et un entérovirus, etc. Alors pourquoi pas ces deux-là aussi, mais ils ne vont pas avoir ensemble une synergie particulière et créer des symptômes inédits !

On a bien vu que quand il y a deux variants du SARS-CoV-2 présents en même temps, par exemple Omicron et Delta, le résultat n’a pas pris le dessus sur Omicron BA.2.

Nous sommes maintenant bien équipés à l’hôpital et nous disposons de machines PCR dites multiplex qui nous permettent, en moins de 24 heures, de déterminer si un patient qui vient d’entrer est atteint du Covid, de la grippe ou d’un autre virus s’en prenant aux voies respiratoires, et de réagir en conséquence.

TC-F : Après ces deux années difficiles, comment voyez-vous les semaines à venir malgré la remontée des cas ?

K.L. : En gardant en tête l’humilité nécessaire évoquée plutôt, nous sommes assez confiants sur le fait que le Covid va avoir un faible impact sur le système hospitalier.

Il y a des signes assez parlant : le Covid y est entré dans une espèce de… routine. Nous n’avons plus désormais de secteur qui lui soit spécifiquement dédié. Quand un patient arrive à l’hôpital pour une infection, il va en maladie infectieuse bien sûr. Mais s’il arrive pour une hémorragie digestive et qu’on le découvre positif après un test, il restera pris en charge en gastro-entérologie. Comme « avant ».

On est en train de sortir de l’exceptionnalité Covid, et ça c’est extrêmement important. On voit que l’on se dirige vers le « vivre avec », que l’on passe un nouveau cap. Nous ne sommes enfin plus dans la catastrophe perpétuelle : on voit la porte de sortie.

Cette porte, ce n’est pas la disparition du Covid, c’est vivre avec lui, avec les outils pour faire face. Maîtriser la situation plutôt qu’être submergé par elle.

Article original paru dans The Conversation

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