C’était prévu de longue date, mais le parcours législatif a nécessité un certain nombre d’années. Il fallait également un décret et un arrêté pour fixer les modalités de ce nouveau dispositif. Ces textes s’inscrivent dans le cadre de l’évolution des compétences des pharmaciens et de la lutte contre l’antibiorésistance, en permettant une délivrance ciblée et contrôlée d’antibiotiques sans ordonnance.

5 longues années pour rendre la loi applicable

C’est un principe général, une loi ne suffit pas, elle doit être complétée par des décrets et arrêtés qui fixent les conditions et modalités pratiques de ce qui a été légiféré. Cela peut-être plus ou moins long, ici cela a été particulièrement long s’agissant d’une mesure de santé publique très attendue. Il faut dire aussi que la pandémie de Covid-19 est passée par là quelques mois à peine après l’adoption de la loi.

La loi du 24 juillet 2019 relative à l’organisation et à la transformation du système de santé a introduit la possibilité pour les pharmaciens d’officine de délivrer des médicaments initialement de prescription médicale obligatoire sans ordonnance dans le cadre de protocoles établis. C’est une extension logique et légitime du pharmacien, professionnel de santé à part entière, spécialiste du médicament. L’ arrêté du 5 mai 2021 a précisé la liste des antibiotiques pouvant être dispensés sans ordonnance médicale et les indications pour lesquelles cette dispensation est autorisée. C’est ensuite un décret paru le 20 décembre 2023 qui définit a mise en œuvre de la prescription électronique, ce qui inclut la délivrance des antibiotiques sans ordonnance dans certains cas.
Enfin, c’est l’arrêté du 17 juin 2024 paru le lendemain au Journal officiel qui autorise désormais les pharmaciens à délivrer des antibiotiques sans ordonnance dans des cas spécifiques

Consultation et test rapide d’orientation diagnostique

Le pharmacien réalise de plus en plus de consultations dans le cadre d’une montée en compétence de ce professionnel de santé. Il suit notamment les patients dans le cadre de pathologies chroniques ou pour certains dépistages de pathologies. Dans le cas qui nous intéresse aujourd’hui, la prise en charge concerne des pathologies aigues bien déterminées : l’angine bactérienne à streptocoque du groupe A et de cystite aiguë non compliquée chez la femme.
Pour l’angine, le pharmacien effectue un examen oropharyngé et si positif, un TROD (test rapide d’orientation diagnostique) sur un prélèvement qu’il pratique dans la gorge au moyen d’un écouvillon. Pour la cystite, un test urinaire. Tout cela entre dans le cadre d’un parcours de type arbre décisionnel avec notamment des restrictions en termes d’âge et de symptômes, comme la présence d’une fièvre élevée ou d’une grossesse.

Bien évidemment, tout pharmacien recevra une formation spécifique pour cette nouvelle compétence, à l’instar de toutes les autres qui viennent peu à peu augmenter son champ de compétence ; on pense notamment à son droit de prescription et d’administration des vaccins, processus engagé avec la vaccination anti Covid-19 qui par la suite a été généralisé.

Un moyen de lutte contre l’antibiorésistance

Le dispositif de délivrance ciblée d’antibiotiques par le pharmacien dans un cadre très réglementé vise à assurer que les antibiotiques sont utilisés de manière appropriée, ce qui est essentiel pour prévenir le développement et la propagation de l’antibiorésistance qui constitue une menace à l’échelle mondiale. Ainsi, En limitant la délivrance sans ordonnance à des cas spécifiques et bien définis, on s’assure que les antibiotiques sont utilisés uniquement pour des infections bactériennes avérées attestées par TROD, réduisant ainsi le risque d’utilisation inappropriée. Professionnel de santé de proximité facilement accessible contrairement au médecin dont le cabinet est engorgé, le pharmacien pourra suivre les patients pour une meilleure surveillance de l’évolution de l’infection et de l’efficacité du traitement. En outre, le pharmacien étant le spécialiste des médicaments, il pourra éduquer au mieux le patient à l’usage des antibiotiques, les dangers de leur mésusage, et sensibiliser aux risques d’interactions médicamenteuses.

Mais délester les médecins en partie de la prescription d’antibiotiques, c’est aussi lutter contre la biorésistance.

Les médecins impliqués dans la surconsommation d’antibiotiques

Ce n’est jamais très médiatisé face à un lobby puissant, mais la surprescription d’antibiotiques par les médecins français est un fléau en soi. Les chiffres et données statistiques ne trompent pas, les médecins prescrivent trop de médicaments, y compris des antibiotiques quand cela n’est pas nécessaire. L’ordonnance bien remplie reste malheureusement un moyen pour le médecin de satisfaire le patient. Le ministère de la santé et des sociétés savantes (exemple d’infectiologie) ainsi que des organisations de pharmaciens tentent des mesures incitatives ou plutôt dissuasives auprès des médecins, guère couronnées de succès. Citons par exemple une prime à la non-prescription. C’est dire que l’on part de loin. N’oublions pas d’ailleurs que les ordonnances bien garnies augmentent le risque d’interactions, connues ou pas, un domaine dans lequel le médecin n’est pas spécialisé. Les pharmaciens peuvent les détecter au stade de la délivrance lors de l’analyse pharmaceutique mais cela n’est pas suffisant. Des lignes directrices élaborées sont rédigées à l’attention des médecins pour freiner leurs prescriptions abusives d’antibiotiques et les éduquer aux risques pour les patients et la santé publique, mais c’est laborieux. Ce délestage vers le pharmaciens devraient donc éviter l’usage abusif d’antibiotiques, pour l’instant dans les deux pathologies très ciblées pour lesquelles le pharmacien peut désormais délivrer des antibiotiques

Réactions de médecins

Sans surprise, comme à chaque fois que l’on touche au monopole des médecins, les réactions sont vives et les avancées mises en cause. Cette mesure devrait sans aucun doute satisfaire les patients qui font face aux déserts médicaux avec des délais d’attente pour une consultation parfois incompatibles avec l’urgence. Ici on pense particulièrement à la cystite aiguë de la femme, qui peut devenir un calvaire insupportable quelques heures après les premiers symptômes à défaut de prise en charge ; sans compter les risques de propagation et de contagiosité de toute infection bactérienne,

Parmi les réactions négatives, des syndicats de médecins généralistes, il y a la mise en cause de la compétence des pharmaciens notamment sur le risque de diagnostic imprécis. C’est bien le comble au regard de la responsabilité des médecins dans l’excès de prescription d’antibiotiques décrite plus haut, et le cadre très strict de prescription avec formation dédiée obligatoire pour les pharmaciens. Du coup, les mêmes tentent de balayer l’argument en réponse en disant que la formation des pharmaciens serait trop coûteuse, de même que ses honoraires pour la consultation pharmaceutique… qui pourtant sera négligeable face à une consultation médicale dont le tarif va d’ailleurs substantiellement augmenter en fin d’année.

Défense corporatiste du monopole médical

Mais on l’a compris : la faiblesse des arguments tient au fait de la difficulté à avouer la motivation essentielle : préserver un monopole. Son délitement est pourtant en marche, et ne risque guère de s’arrêter avec la montée en compétence des professionnels de santé, l’intelligence artificielle et les progrès technologiques. Dans le domaine de la prescription d’antibiotiques par exemple, des tests diagnostiques d’infection des voies respiratoires inférieures par piqûre au bout du doigt sont en cours de développement, permettant une analyse par bandelette réactive. Les médecins mais aussi les biologistes médicaux n’ont sans doute pas fini de râler.

Image d’en-tête : dessin de presse Milleray pour Science infuse

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Le SARS-CoV-2 continue de circuler et d’évoluer, avec une importante évolution génétique et antigénique de la protéine spike.

Les vaccins monovalents XBB.1.5 COVID-19 utilisés sur différentes plateformes provoquent des réponses d’anticorps neutralisants à large réactivité croisée contre les variants du SARS-CoV-2 en circulation.

Compte tenu de l’évolution actuelle du SARS-CoV-2 et de l’ampleur des réponses immunitaires démontrées par les vaccins monovalents XBB.1.5 contre les variants en circulation, le groupe consultatif technique de l’OMS sur la composition des vaccins anti-Covid-19 (TAG-CO-VAC° conseille de conserver la composition actuelle de l’antigène du vaccin Covid-19, c’est-à-dire un XBB.1.5 monovalent comme antigène des vaccins contre le Covid-19.

Le(TAG-CO-VAC continue de se réunir régulièrement pour évaluer les conséquences de l’évolution du SARS-CoV-2 sur la composition de l’antigène des vaccins anti-Covid-19 et pour conseiller l’OMS sur la nécessité de modifier la composition de l’antigène des futurs vaccins anti-Covid-19. En mai 2023, le TAG-CO-VAC a recommandé l’utilisation d’une lignée descendante monovalente XBB.1, telle que XBB.1.5, comme antigène vaccinal. Plusieurs fabricants (utilisant des plateformes vaccinales à base d’ARNm, de protéines et de vecteurs viraux) ont mis à jour la composition de l’antigène des vaccins anti-Covid-19 pour obtenir des formulations monovalentes XBB.1.5 dont l’utilisation a été approuvée par les autorités réglementaires.

Le TAG-CO-VAC s’est réuni à nouveau les 4 et 5 décembre 2023 pour examiner l’évolution génétique et antigénique du SARS-CoV-2, la performance des vaccins actuellement approuvés contre les variants du SARS-CoV-2 en circulation et les implications pour la composition de l’antigène des vaccins anti-Covid19. L’examen semestriel des données probantes par le TAG-CO-VAC repose sur la nécessité d’une surveillance continue de l’évolution du SARS-CoV-2 et de la cinétique de l’immunité vaccinale.

Examen des éléments probants

Les données publiées et non publiées examinées par le TAG-CO-VAC comprenaient :

(1) L’évolution du SARS-CoV-2, dont les caractéristiques génétiques et antigéniques des variants antérieurs et actuels du SARS-CoV-2 et l’impact de l’évolution du SARS-CoV-2 sur la neutralisation croisée et la protection croisée après la vaccination et/ou l’infection ;

(2) L’efficacité vaccinale (EV) des vaccins actuellement approuvés pendant les périodes de circulation de la lignée descendante XBB ;

(3) La cartographie antigénique analysant les relations antigéniques des variants du SARS-CoV-2 à l’aide de sérums animaux naïfs et de sérums humains après vaccination et/ou infection ;

(4) Les données préliminaires d’immunogénicité sur les performances des vaccins actuellement approuvés contre les variants du SARS-CoV-2 en circulation à l’aide de sérums animaux et humains ; et

(5) Les réponses immunitaires cellulaires (lymphocytes T et B) après vaccination et/ou infection.

De plus amples informations sur les données accessibles au public examinées par le TAG-CO-VAC figurent dans l’annexe du rapport complet. Les données non publiées et/ou confidentielles examinées par le TAG-CO-VAC ne sont pas présentées.

Résumé des éléments probants

Le SARS-CoV-2 continue de circuler et d’évoluer. Sur la base des séquences disponibles, on constate une hétérogénéité des variants en circulation dans les régions de l’OMS.
L’évolution génétique et antigénique de la protéine spike du SARS-CoV-2 reste importante.
Au 2 décembre 2023, les lignées descendantes de XBB, notamment XBB.1.5, XBB.1.16, EG.5, HK.3 et HV.1, représentaient 73 % des séquences génétiques disponibles dans GISAID (base de données mondiale partagée, ndlr), et cette proportion a diminué depuis lors. Le variant d’intérêt BA.2.86 du SARS-CoV-2 , dont l’échantillon le plus ancien a été recueilli en juillet 2023, présente 36 substitutions d’acides aminés par rapport à XBB.1.5, y compris dans des sites antigéniques clés de la protéine spike. La proportion de BA.2.86 et de ses lignées descendantes, y compris JN.1 (qui présente une substitution supplémentaire dans la protéine spike par comparaison à BA.2.86 (L455S), n’a cessé d’augmenter. Au 2 décembre 2023, BA.2.86 et ses lignées descendantes, y compris JN.1, représentaient 17 % des séquences disponibles dans GISAID, dont plus de la moitié étaient JN.1.
Plusieurs de ces variants dérivés de XBB et de BA.2.86 (par exemple EG.5, HV.1, HK.3, JN.1) présentent des modifications de la protéine spike ayant évolué de manière indépendante au niveau d’un épitope d’anticorps neutralisant impliquant les résidus d’acide aminé 455 et/ou 456. Cela met en évidence la pression immunitaire actuelle sur cet épitope.
Dans les études sur l’efficacité des vaccins, la protection conférée par les vaccins à ARNm bivalents (virus index et BA.1- ou BA.4/5) et par un vaccin protéique à base de Beta contre la maladie sévère pendant les périodes de circulation de la lignée descendante XBB reste élevée. La protection contre la maladie symptomatique et l’infection est plus faible et s’estompe plus rapidement sur plusieurs mois.
Les vaccins monovalents XBB.1.5 n’ont été introduits que récemment, de sorte que les estimations de l’efficacité des vaccins de cette composition sont encore très limitées. Les données d’immunogénicité préclinique et clinique des vaccins monovalents XBB.1.5 indiquent que des titres d’anticorps neutralisants plus élevés contre les variants du SARS-CoV-2 en circulation devraient être associés à des estimations d’EV plus élevées que pour les vaccins anti-Covid-19 dont la composition antigénique est basée sur le virus index ou bivalent (contenant BA.1- ou BA.4/5-).

Chez les animaux naïfs, les vaccins monovalents contre le XBB.1.5 ont provoqué la production d’anticorps neutralisants présentant une bonne réaction croisée avec les lignées descendantes du XBB (par exemple EG.5, HV.1, HK.3). Cependant, BA.2.86 et JN.1 n’ont pas été bien neutralisés, ce qui indique que BA.2.86 et JN.1 se distinguent antigéniquement de XBB.1.5 dans ce modèle.
En revanche, les sérums d’humains vaccinés avec des vaccins monovalents XBB.1.5, avec ou sans infection antérieure récente, ont neutralisé les lignées descendantes de XBB, notamment EG.5, HK.3, HV.1, ainsi que BA.2.86 et JN.1. Cependant, les données sur la neutralisation croisée de JN.1 sont limitées.
Les différences observées dans la réactivité croisée à BA.2.86 et JN.1 chez les animaux naïfs, par comparaison avec les sérums humains, reflètent probablement les réponses immunitaires cumulées à l’infection et au vaccin contre le SARS-CoV-2 dans la population humaine.

Le TAG-CO-VAC reconnaît que les données disponibles présentent plusieurs limites :

La surveillance génétique/génomique du SARS-CoV-2 présente des lacunes persistantes et croissantes à l’échelle mondiale, notamment un faible nombre d’échantillons séquencés et une diversité géographique limitée.
Le calendrier, les mutations spécifiques et les caractéristiques antigéniques associées, ainsi que les risques potentiels pour la santé publique des futures variants restent inconnus.
Bien que les titres d’anticorps neutralisants se soient révélés être des corrélats importants de la protection contre l’infection par le SARS-CoV-2 et des estimations de l’efficacité des vaccins, il existe de multiples composantes de la protection immunitaire suscitée par l’infection et/ou la vaccination. Les données sur les réponses immunitaires à la suite d’une infection par la lignée descendante XBB ou d’une vaccination par XBB.1.5 sont largement limitées aux anticorps neutralisants et les données sur d’autres aspects de la réponse immunitaire, y compris l’immunité cellulaire, sont limitées.
Les estimations de la VE contre les variants du SARS-CoV-2 actuellement en circulation, y compris les lignées descendantes du XBB, sont limitées en termes de nombre d’études, de diversité géographique, de plateformes vaccinales évaluées, de populations évaluées, de durée de suivi et d’estimations comparatives pour les vaccins monovalents XBB.1.5 par comparaison avec d’autres formulations.

Recommandations relatives à la composition de l’antigène des vaccins anti-Covid-19

Compte tenu de l’évolution actuelle du SARS-CoV-2 et de l’ampleur des réponses immunitaires démontrées par les vaccins monovalents XBB.1.5 contre les variants en circulation, le TAG-CO-VAC conseille de conserver la composition actuelle de l’antigène des vaccins anti-Covid-19, c’est-à-dire un vaccin monovalent XBB.1.5 (par exemple hCoV-19/USA/RI-CDC-2-6647173/2022, GenBank : OQ054680.1, GISAID : EPI_ISL_16134259 ou WHO Biohub : 2023-WHO-LS-01, GenBank : OQ983940, GISAID EPI_ISL_16760602) comme antigène des vaccins Covid-19.

D’autres formulations et/ou plateformes permettant d’obtenir de solides réponses en anticorps neutralisants contre les variants actuellement en circulation, y compris les lignées descendantes XBB et BA.2.86, peuvent également être envisagées. Conformément à la politique de l’OMS en matière de SAGE (groupe OMS de priorisation de l’utilisation des vaccins anti-Covid), les programmes de vaccination peuvent continuer à utiliser tous les vaccins contre le Covid-19 répertoriés ou préqualifiés par l’OMS pour l’utilisation en situation d’urgence.

Autres exigences et considérations en matière de données

Compte tenu des limites des données probantes sur lesquelles reposent les recommandations ci-dessus et de l’évolution continue prévue du virus, le TAG-CO-VAC encourage vivement la production des données suivantes :

Les réponses immunitaires et les paramètres cliniques (c’est-à-dire VE) dans diverses populations humaines ayant reçu des vaccins contre le Covid-19 avec une composition d’antigènes monovalents XBB.1.5, sur différentes plateformes vaccinales, ainsi que des données supplémentaires sur la performance de tous les vaccins anti-Covid-19 actuellement approuvés contre les variantes émergentes du SARS-CoV-2.
Le renforcement de la surveillance épidémiologique et virologique, conformément aux recommandations permanentes relatives au Covid-19 et au règlement sanitaire international (2005), afin de déterminer si les variants émergents sont distinctes sur le plan antigénique et capables de supplanter les variants en circulation.
L’évaluation clinique des nouveaux antigènes vaccinaux, en particulier ceux issus des lignées descendantes XBB et BA.2.86.
Comme indiqué précédemment, le TAG-CO-VAC continue d’encourager la poursuite de la mise au point de vaccins susceptibles d’améliorer la protection contre l’infection et de réduire la transmission du SARS-CoV-2.

Texte traduit par la Rédaction. Les éléments en caractères gras sont à l’initiative de la Rédaction pour souligner des points clés.

Image d’en-tête : Daniel Schludi

Pour aller plus loin

Pour aller plus loin

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Il s’agit du rapport du système mondial de surveillance de la résistance et de l’utilisation des antimicrobiens (GLASS) pourtant sur les données de l’année 2020.

72 % de la population mondiale évaluée avec 127 pays

Pour la première fois, le rapport GLASS au nombre de pays participants croissant fournit les taux de résistance aux antimicrobiens (RAM) dans le contexte de la couverture nationale des tests, avec les tendances depuis 2017 et la consommation d’antibiotiques (ATB) chez l’homme de 27 pays.

Plus de 50 % de résistance pour des bactéries et infections courantes

C’est le cas notamment de Klebsiella pneumoniae et Acinetobacter spp qui donnent des infections du sang potentiellement mortelles, qui nécessitent des ATB de dernier recours que sont les carbapénèmes… auxquels les bactéries en question apprennent également à résister avec déjà un niveau de résistance de 8 %.

Des bactéries courantes également comme Neisseria gonorrhoe qui donne une infection sexuellement transmissible (IST) courante montre plus de 60 % de résistance à la ciprofloxacine, ATB d’utilisation fréquente.

Escherichia coli, germe le plus courant et le plus fréquent dans les infections urinaires, montre 20 % de taux de résistance aux antibiotiques de première intention (ampicilline et cotrimazole) et de deuxième ligne (fluoroquinolones).

Danger mondial pour la médecine et la santé publique

« La résistance aux antimicrobiens mine la médecine moderne et met des millions de vies en danger », a déclaré le Dr Tedros Adhanom Ghebreyesus, Directeur général de l’OMS. « Pour comprendre réellement l’ampleur de la menace mondiale et mettre en place une réponse de santé publique efficace à la RAM, nous devons intensifier les tests microbiologiques et fournir des données de qualité assurée dans tous les pays, et pas seulement dans les plus riches. »

En conséquence de cette antibiorésistance croissante, les infections augmentent. Les infections sanguines dues à E. Coli et Salmonella résistances et celles à gonhorrée ont augmenté de 15 % depuis 2017.

Disparités concernant l’indicateur RAM

S’agissant d’analyses de données 2020, l’impact du Covid-19 doit être mesuré. En outre les pays les moins riches rapportent des RAM plus élevés, mais il convient d’explorer pourquoi, des biais étant possible comme le fait que dans les pays moins riches il y a moins d’hôpitaux référents pour le rapport GLASS et que ces derniers soignent les cas les plus sévères ayant déjà reçu un traitement.

Les niveaux médians de RAM sont de 42 % pour E. Coli et 35 % pour Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SRAM), qui sont les deux indicateurs de l’objectif de développement durable de la RAM. On passe à 11 % et 6,8 % respectivement dans les pays avec une forte couverture de tests (pays plus riches).

Des recherches sont nécessaires pour mieux interpréter l’indicateur RAM, en raison des systèmes de soins variables selon les pays : typologie des hôpitaux participants aux tests (GLASS) on l’a vu, mais aussi capacité des laboratoires d’analyses variables, faibles dans les pays à faibles revenus. L’OMS préconise des enquêtes à court et long terme, l’élaboration de politiques de suivi et l’inclusion de l’indicateur RAM dans ces dernières et les systèmes de santé.

Consommation d’antibiotiques chez l’homme : objectif ACCESS atteint dans 65 % des 27 pays participants

Qu’est-ce qu’ACCESS ? c’est le « panier » d’antibiotiques qui selon l’OMS (classification AWaRE), ont un large spectre d’efficacité pour les infections courantes avec un faible risque de créer une résistance. L’objectif ACCESS pour un pays, c’est une consommation d’au moins 60 % d’antibiotiques de ce groupe ACCESS.

Surveillance et sensibilisation pour la santé des générations futures

La lutte contre l’antibiorésistance est un défi majeur. L’OMS indique comme indispensable l’engagement des pays au plus haut niveau pour la surveillance, la fourniture de données de qualité, et bien sûr la sensibilisation des communautés (y compris médicales) et des populations.
L’utilisation des précieux antibiotiques, qui perdent en efficacité en cas de surutilisation et mésusage, doit évoluer pour tenir comte de leur perte d’efficacité au fil du temps, à une vitesse que la recherche pharmaceutique est bien incapable de combler aujourd’hui.

Pour aller plus loin

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Nous vous proposons un résumé visuel inclus dans la publication toute récente du British Medical Journal

« Long covid—an update for primary care« 

dont les auteurs sont une équipe américaine :
Trisha Greenhalgh, professor of primary care health sciences1,  Manoj Sivan, associate professor in rehabilitation medicine2,  Brendan Delaney, professor of medical informatics and decision making3,  Rachael Evans, associate professor in respiratory medicine, associate professor in respiratory medicine4,  Ruairidh Milne, person with long covid and, emeritus professor of public health5

Cette infographie originale en anglais a été traduite en français par la rédaction.

C’est un travail suggéré via notre section « À la demande » : articles, fact-checking, traduction

La traduction est protégée par les droits d’auteur.

Librement utilisable à des fins non commerciales à condition de conserver les crédits requis : British Medical Journal, Citizen4Science

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Contaminées par le coronavirus SARS-CoV-2, certaines personnes sont victimes d’affection post-Covid-19, communément dénommée par les patients « Covid long », qui se caractérise par la persistance, des mois voire des années durant, de divers symptômes invalidants. Cette affection peut concerner des patients ayant fait une forme initiale légère comme une forme sévère, voire toucher aussi des personnes qui n’ont présenté initialement aucun symptôme.

En raison du nombre important de patients qui ont été infectés dans le monde par ce coronavirus, le Covid long constitue un problème de santé publique émergent, et un enjeu majeur pour les autorités de santé.

À l’heure actuelle, trois causes principales possiblement impliquées dans le Covid long font l’objet de recherches intensives : la persistance du coronavirus SARS-CoV-2 dans l’organisme des patients, le maintien d’un état inflammatoire après l’infection et la formation de microcaillots.

Deux ans et demi après le début de la pandémie, voici ce que les scientifiques qui étudient ces différentes pistes ont appris.

Qu’est-ce que le Covid long ?

Le syndrome du Covid long, aussi connu sous la dénomination de « syndrome post-Covid-19 » ou « PACS » (post-acute Covid syndrome), a été défini fin 2021 par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) comme une affection qui apparaît généralement dans les trois mois suivant l’infection initiale au SARS-CoV-2 et se caractérise par des symptômes persistants pendant au moins deux mois. D’une part ces symptômes ne peuvent pas être expliqués par d’autres diagnostics et, d’autre part, ont un impact sur la vie quotidienne. Le Covid long fait partie de la maladie Covid-19.

Si les symptômes principaux sont une fatigue inhabituelle, un essoufflement, un dysfonctionnement cognitif, une anosmie, des troubles du sommeil, plus de 200 symptômes très variés touchant de multiples organes peuvent aussi être observés.

Les malades peuvent aussi ressentir des douleurs thoraciques, musculaires, articulaires, des tachycardies, des troubles digestifs (notamment des diarrhées, des nausées, un ralentissement du transit…), des symptômes ORL tels que de troubles de l’odorat ou des acouphènes, des atteintes oculaires comme une vision floue ou une sécheresse oculaire, des aphtes, des signes cutanés…

Soulignons que les patients qui développent une affection post-Covid ou Covid long peuvent faire des rechutes de long terme, souvent majorées en cas de nouvelle infection.

Plus de 30 % des malades du Covid déclarent des symptômes prolongés

Le Covid long n’affecte pas tous les patients ayant contracté le Covid-19. Santé publique France a conduit une enquête en population générale entre mars et avril 2022, parmi un échantillon représentatif de la population française. Sur les 25 537 volontaires âgés d’au moins 18 ans qui ont répondu, 33,9 % ont déclaré une infection par le SARS-CoV-2. Parmi ceux infectés plus de trois mois auparavant, 30 % déclaraient avoir des symptômes prolongés.

Selon ces résultats, la prévalence de l’affection post-Covid-19 diminuait avec le temps écoulé. Toutefois, 18 mois après l’infection, plus de 20 % des personnes ayant eu une infection par le SARS-CoV-2 gardaient encore des symptômes. Le nombre de personnes concernées par une affection post-Covid-19 dans la population française a pu être estimé à 2,06 millions de personnes de plus de 18 ans, soit 4 % de la population adulte (intervalle de confiance à 95 % : 3,7 % – 4,2 %).

Par comparaison, au Royaume-Uni, on estime qu’environ 1,7 million de personnes sont touchées, dont 19 % sont victimes d’une forme lourde, qui limite sérieusement leurs activités journalières, voire les empêche de les mener à bien. Seuls 33 % des patients Covid long interrogés estiment que ces symptômes n’ont pas d’impact sur leurs activités journalières. Parmi les patients rapportant des symptômes prolongés au Royaume-Uni, la majorité 47 % ont eu un Covid lors des vagues initiales, 27 % pendant la période de circulation du virus Delta et 19 % pendant la vague Omicron.

D’après une estimation publiée par l’OMS le 13 septembre 2022, plus de 17 millions de personnes ont souffert d’un Covid long en Europe en 2020 et 2021.

Une majorité de femmes, et une piste allergique voir auto-immune à explorer

Un point important à souligner est que certains patients peuvent avoir une sérologie négative (autrement dit, on ne trouve pas dans leur sang d’anticorps anti-SARS-CoV-2) et pourtant avoir été infectés par le virus. En effet, il a été montré que certaines personnes ne produisent pas d’anticorps anti-SARS-CoV-2 après infection même si leur organisme réagit parfois au virus, en déployant des cellules immunitaires, les lymphocytes T, contre ce dernier.

Ce point est essentiel, car il indique que le fait d’avoir un résultat négatif à un test sérologique n’est pas une preuve que l’on n’a pas été infecté. Or le fait que certains patients Covid long aient eu des sérologies négatives a pu jeter le doute sur la véracité de leur syndrome et de leur infection initiale notamment quand ils n’ont pas bénéficié de PCR.

Parmi les patients Covid long figure une forte proportion de femmes. Des travaux qui restent encore à confirmer semblent également indiquer que les personnes ayant un terrain allergique pourraient être davantage impactées, tout comme les personnes ayant un terrain auto-immun (leur système immunitaire s’attaque à leur propre organisme, ndlr) ou ayant été atteintes par un syndrome de fatigue chronique par le passé.

Rappelons que le Covid long peut toucher non seulement les adultes (avec des patients parfois incapables de reprendre leur travail plus de 2 ans et demi après l’infection initiale), mais aussi les enfants. Chez ces derniers, des cas d’hypersomnie – un besoin excessif de sommeil – ou un décrochage scolaire ont notamment été décrits).

Comment évolue le Covid long ?

Globalement, c’est au cours de la première année qui suit le Covid initial que les symptômes sont les plus importants. Durant la 2^e année, les patients constatent dans 80 % des cas une amélioration des symptômes (fièvre, sueurs, signes cutanés, toux), peut-être en lien avec une diminution de l’inflammation.

Cependant cette amélioration est très variable d’un patient à l’autre. Elle est lente, incomplète et parfois inexistante pour certains symptômes comme la fatigue post-effort et les troubles neurocognitifs, qui persistent fréquemment encore à deux et à trois ans.

La persistance des symptômes qui s’aggravent parfois à l’occasion de rechutes est une source d’inquiétude faisant craindre, à moyen et long terme, des séquelles sur les organes nobles concernés (cœur, poumons, comme la survenue de maladies neurodégénératives).

Les causes du Covid long : trois pistes principales

Il est probable que le ou les mécanismes physiopathologiques (la physiopathologie est la discipline qui étudie les dérèglements des éléments et des fonctions de l’organisme humain, ndlr) initiaux soient similaires entre les patients, mais que la maladie s’exprime différemment en fonction du terrain génétique de chacun, de l’état immunologique de base, de facteurs hormonaux ou encore du variant responsable de l’infection et de la charge virale lors de la première infection…

À l’heure actuelle, trois mécanismes principaux font l’objet de recherches intensives :

• la persistance du coronavirus SARS-CoV-2 dans l’organisme des patients ;
• le maintien d’un état inflammatoire après l’infection au niveau des tissus, notamment des vaisseaux et du tissu cérébral ;
• la formation de microcaillots et/ou de microsaignements.

Ces trois hypothèses ne sont pas mutuellement exclusives et ne s’opposent pas les unes aux autres.

Les travaux récents que nous allons détailler suggèrent plutôt une possible cascade : la persistance de tout ou partie du virus entraînerait une inflammation des tissus (en attirant les cellules de l’immunité sur place) et une réaction vasculaire avec formation de microcaillots d’où une moins bonne oxygénation intermittente des tissus. De plus, une toxicité directe de la protéine Spike pour certaines cellules n’est pas non plus exclue.

Persistance virale : une accumulation de preuves

Il est maintenant parfaitement admis que certains patients n’arrivent pas à se débarrasser complètement du coronavirus SARS-CoV-2 dans le délai habituel de 14 à 21 jours.

Cette persistance de virus dans l’organisme a initialement été constatée chez les sujets immunodéprimés, en particulier parmi ceux ayant un déficit profond de l’immunité humorale, la composante de l’immunité qui repose sur la production d’anticorps. De ce fait, ils sont dans l’incapacité de produire une bonne réponse en anticorps contre le virus.

Dès la fin de l’année 2020, l’Institut Pasteur, en lien avec l’équipe d’Hôtel Dieu a montré que l’ARN viral pouvait être retrouvé dans les fentes olfactives de patients Covid long dont les troubles de l’odorat persistaient, plus de 7 mois après l’infection initiale. Ceci suggère que le virus pourrait, à partir de cet emplacement, traverser la lame criblée de l’ethmoïde, une structure osseuse située au-dessus des fosses nasales. Percée de trous, elle laisse passer le nerf olfactif.

De nombreux autres travaux récents démontrent parfaitement aujourd’hui que de l’ARN viral ou des fragments viraux peuvent également persister dans de très nombreux organes.

Une équipe américaine d’anatomopathologistes a notamment mené des autopsies sur les corps de 44 sujets décédés du Covid (certains jusqu’à 230 jours après l’infection). Leurs résultats révèlent que le virus était présent partout, dans tous les organes : cerveau, muscle, intestin, cœur, articulations… Certes, il s’agissait de patients touchés par des formes graves, mais cela signifie que le virus diffuse largement dans l’organisme et disparaît moins vite qu’on ne l’imaginait.

À l’école de médecine de Harvard, des chercheurs ont analysé le sang de 37 patients atteints de Covid long. Ils ont notamment retrouvé la protéine Spike du SARS-CoV-2 dans le plasma de deux tiers d’entre eux, à distance de l’infection et souvent à plusieurs reprises alors qu’elle disparaît rapidement chez les patients ne présentant pas de symptômes prolongés. Cela signifierait que, quelque part dans leur organisme, un réservoir de virus persisterait, et que le virus a trouvé un moyen de passer dans le sang. Ces résultats, qui reposent sur une technique de détection ultra-sensible (la technique SIMOA), laissent entrevoir l’espoir d’un marqueur de diagnostic plus fiable du Covid long, qui pourrait se faire par une simple prise de sang.

Une équipe de l’Université de Stanford a également mis en évidence des fragments d’ARN du SARS-CoV-2 dans les selles jusqu’ à 7 mois après l’infection. De l’ARN était détecté chez 49 % des patients (sur 113 patients étudiés) au cours de la première semaine suivant le diagnostic. À 4 mois, il n’y avait plus d’excrétion d’ARN dans le pharynx, alors que 13 % des patients continuaient à excréter de l’ARN du SARS-CoV-2 dans les selles. C’était encore le cas de 4 % d’entre eux à 7 mois. Leurs symptômes gastro-intestinaux, qui se traduisaient par des douleurs abdominales, des nausées, des vomissements, étaient associés à l’excrétion fécale d’ARN SARS-CoV-2.

Les travaux d’une équipe de l’Université d’Innsbruck ont par ailleurs révélé la présence de fragments d’ARN du SARS-CoV-2 dans l’intestin de la majorité des patients ayant une maladie inflammatoire de l’intestin et ayant eu un Covid aigu jusqu’à 6 mois plus tôt.

Cette démonstration de la persistance de fragments viraux soulève diverses questions, dont celle de savoir s’ils proviennent de virus entiers capables de se reproduire. Des travaux récents commencent à apporter une partie des réponses.

Un virus qui serait capable de persister et se répliquer

Plusieurs résultats démontrent que l’ARN viral qui persiste à distance de l’infection initiale est, au moins dans les premiers mois du Covid long, bel et bien capable d’amorcer une réplication.

Les chercheurs ont en effet détecté dans les tissus d’un certain nombre de patients atteints de Covid long la présence non seulement d’ARN génomique (qui constitue le génome entier du virus), mais aussi d’ARN subgénomique, autrement dit d’ARN en train d’être produit. Avec le temps, cet ARN subgénomique a tendance à complètement disparaître : les chercheurs de l’Université de Stanford cités précédemment ont établi qu’à 7 mois de l’infection initiale, il n’était plus retrouvé que dans les selles de 0,7 % de patients.

Par ailleurs, dès 2020, chez des patients atteints de Covid aigu, les vétérinaires de Maisons-Alfort avaient montré que des chiens « détecteurs » étaient capables d’identifier dans la sueur des composés volatils organiques (VOCs) très spécifiques du virus. Ces molécules pourraient correspondre soit à des protéines du virus synthétisées dans l’organisme et émises dans la sueur, soit à des protéines de l’hôte synthétisées en réaction à la présence de virus.

L’application de cette technique aux patients Covid long a permis de démontrer que les chiens étaient aussi capables de détecter ces VOCs spécifiques chez un certain nombre de patients Covid long (souvent les plus sévères) ce qui constitue un autre argument de poids en faveur d’une réplication au moins intermittente du virus au cours du Covid long.

Cependant, de nombreuses autres questions doivent encore être résolues. On ne sait pas encore, par exemple, dans quelles cellules se cacherait le virus ou les fragments viraux. Il pourrait s’agir de cellules de la lignée monocytaire, voire de cellules endothéliales… On trouve toutefois des cellules porteuses du récepteur ACE2 (utilisé par le virus pour l’infection) dans de nombreux tissus de l’organisme, ce qui signifie que d’autres cellules pourraient constituer des réservoirs viraux.

D’autres questions demeurent en suspens : quelles sont les conséquences de cette persistance virale ? Quels dégâts occasionne-t-elle dans l’organisme ? Ces dégâts sont-ils réversibles ?

Le 8 Septembre 2022, a été lancée « The Long Covid Research Initiative ». Forte d’une première dotation de 15 millions de dollars émanant de fonds privés, cette initiative de recherche mondiale, impliquant des scientifiques et cliniciens d’institutions prestigieuses ambitionne notamment d’éclaircir le rôle de la persistance virale, en identifiant les réservoirs du virus, en décryptant les mécanismes du Covid long et en menant des essais thérapeutiques.

Second mécanisme impliqué dans le Covid long : l’état inflammatoire

Les examens biologiques dits « de routine » des patients Covid long sont généralement peu perturbés et semblent indiquer à tort que ces patients n’ont pas de trouble organique. Ils révèlent néanmoins fréquemment un discret syndrome inflammatoire.

Celui-ci est attesté par une augmentation modérée de la ferritine (une protéine de la réponse inflammatoire dont la concentration sanguine augmente en cas d’activation des macrophages), et par la présence d’autoanticorps peu spécifiques (appelés facteurs antinucléaires), comme on en voit dans d’autres infections virales chroniques (hépatite C, VIH).

Ce constat a conduit les scientifiques à suivre la piste d’une inflammation « à minima », qui se situerait au niveau tissulaire. Ils ont notamment pu démontrer que les patients Covid long ont un profil immunitaire très particulier, rappelant celui qui est observé dans les infections virales chroniques.

Des chercheurs de l’Université d’Atlanta ont aussi montré que les cellules immunitaires (qui interviennent dans la coordination de la réponse immunitaire, la mémorisation des infections et la destruction des cellules infectées) sont dans un état d’activation légèrement excessive.

En outre, on trouve dans le sang des patients Covid long des messagers chimiques impliqués dans l’inflammation (appelés cytokines), tels que les interférons β et α, deux molécules qui sont généralement sécrétées en réaction à une infection virale.

Dans le sang de ces patients sont aussi détectés des messagers chimiques impliqués dans l’inflammation vasculaire, comme le facteur de croissance de l’endothélium vasculaire (Vascular Endothelial Growth Factor ou VEGF).

Chez certains sujets, en particulier ceux ayant un terrain allergique, on constate aussi une activation de certaines cellules de l’immunité innée appelées mastocytes. Ces cellules immunitaires interviennent dans les processus inflammatoires et certaines sont impliquées dans les réactions allergiques. Leur activation excessive et permanente est à l’origine d’une perte de contrôle pouvant affecter de nombreux organes plus ou moins gravement (syndrome d’activation mastocytaire).

Le problème de l’inflammation chronique

Cet état inflammatoire chronique peut se produire dans tous les tissus. Ses conséquences, qui varient en fonction des organes touchés, sont encore mal comprises. Au niveau digestif, l’inflammation chronique peut avoir un impact très délétère : les patients digèrent très mal et deviennent intolérants à de multiples aliments.

Mais le plus préoccupant survient lorsque le cerveau est touché. Une neuro-inflammation associée à une activation microgliale (les cellules de la microglie sont des cellules immunitaires qui résident dans le cerveau et la moelle épinière, ndlr) pourrait expliquer les troubles neurocognitifs rencontrés chez de nombreux patients. Ses conséquences, bien étudiées chez l’animal, sont cependant moins claires chez l’être humain, puisqu’on ne peut avoir directement accès au cerveau pour mener des expérimentations.

Certaines techniques d’imagerie (comme la Tomographie par Émission de Positons, aussi appelée TEP-Scan) ont toutefois permis de révéler que plusieurs zones du cerveau de patients Covid long présentaient au repos une diminution de consommation de glucose (on parle de zones hypométaboliques). Ce type d’anomalies individuelles n’est pas rapporté dans les pathologies psychiatriques, et a fortiori psychosomatiques.

Les zones cérébrales touchées sont les régions profondes du cerveau : régions olfactives, circuit limbique, l’amygdale impliquée dans la régulation des émotions, l’hippocampe impliqué dans les processus de mémorisation, et plus en arrière le tronc cérébral impliqué dans les comportements autonomes involontaires (tels que la respiration, le rythme cardiaque, le sommeil, la digestion, mais aussi les voies de la douleur) et enfin le cervelet impliqué dans l’équilibre. Ces anomalies sont d’autant plus sévères que les symptômes sont nombreux.

Une étude a montré que ce profil était encore retrouvé chez environ 50 % des patients Covid long à 11 mois post-infection. Cet examen s’avère utile pour aider au diagnostic différentiel, et identifier chez certains patients d’autres causes à leurs symptômes qu’un Covid long.

Les microcaillots, troisième mécanisme impliqué dans le Covid long

On sait que la protéine Spike peut induire un état procoagulant : chez les patients atteints de Covid sévère, les thromboses sont fréquentes et peuvent entraîner leur décès. C’est la raison pour laquelle l’Organisation mondiale de la Santé, tout comme la plupart des autorités de santé nationales, recommande fortement de prescrire des anticoagulants à tous les patients atteints par une forme sévère de Covid.

Si les recherches sont moins avancées dans le domaine du Covid long, il a été montré que certains patients Covid long sont sujets aux caillots sanguins (état « pro-thrombotique ») et sont atteints d’endothéliopathie (maladie des petits vaisseaux), en lien avec la sévérité de leurs symptômes. De nombreux cas de patients souffrant de thromboses, et notamment d’embolies pulmonaires, ont également été rapportés.

Mais les poumons ne sont pas les seuls organes touchés. Une hypothèse est que des microthromboses inflammatoires ou des microhémorragies pourraient survenir aussi au niveau des autres organes, dans les petits vaisseaux appelés capillaires distaux. Ceci pourrait entraîner une mauvaise oxygénation tissulaire et expliquer les épisodes brutaux de malaises, de douleurs (musculaires, cardiaques) ou de brouillard cérébral dont se plaignent les patients Covid long.

Ces microthromboses pourraient être initialement réversibles. Cependant, en cas de répétition des épisodes, elles pourraient conduire à la constitution de zones moins bien irriguées – de façon irréversible – ou de petits hématomes. Ceci est particulièrement préoccupant si ces microthromboses surviennent dans le cerveau.

En outre, il ne faut pas négliger l’implication potentielle d’autres facteurs, qu’ils soient génétiques, hormonaux (expliquant peut-être que les femmes sont plus atteintes) ou autres (comme une toxicité directe des fragments viraux par un mécanisme encore non élucidé).

Des essais thérapeutiques débutent dans certains pays, afin d’essayer de contrer ces phénomènes par différentes techniques encore mal éprouvées. Le recours aux anticoagulants fera par exemple l’objet d’un essai clinique au Royaume-Uni. D’autres pistes vont tester les antihistaminiques, et prochainement les antiviraux. Certaines équipes vont tester quant à elles de façon moins conventionnelle le recours à l’oxygénothérapie hyperbare ou à l’aphérèse, une technique qui consiste à épurer le plasma des produits prothrombotiques. À l’heure actuelle, ce type d’approche, dont les effets potentiels risquent de ne pas se maintenir, ne fait l’objet d’aucun essai en France.

Des conséquences psychologiques fréquentes

Dans le Covid long comme dans toute maladie chronique, il existe une composante psychologique. Devoir vivre soudainement avec des symptômes handicapants et prolongés peut engendrer des conséquences en termes de dépression voire d’anxiété.

Par ailleurs, le virus pourrait lui-même être à l’origine, de par son tropisme cérébral direct ou indirect, de modifications d’humeur : une irritabilité et une émotivité inhabituelle sont ainsi rapportées par de nombreux patients.

Une revue de littérature portant sur 57 études comprenant plus de 250 000 survivants du Covid-19 a révélé que les symptômes résiduels à plus de 6 mois comprenaient des troubles pulmonaires, neurologiques, mais aussi mentaux. Dans les travaux portant sur les troubles psychiatriques, environ 1 patient sur 3 souffrait d’anxiété généralisée, 1 sur 4 de troubles du sommeil, 1 sur 5 de dépression, et 1 sur 8 présentait un trouble de stress post-traumatique.

L’attention est aujourd’hui également attirée sur le risque accru de suicide que courraient les patients Covid long.

Quid de la piste psychosomatique ?

À l’heure actuelle, la piste psychosomatique unique (qui attribuerait au Covid long une cause essentiellement psychique) ne peut donc plus être considérée comme une explication au Covid long. Outre qu’à ce jour il n’existe pas vraiment de travaux scientifiques pour soutenir cette hypothèse, elle ne prend plus suffisamment en compte la série de données scientifiques récentes que nous venons de détailler.

Il est certain que lorsque les symptômes sont nombreux, invasifs et handicapants, ils focalisent l’attention des patients, qui peuvent alors également ressentir une anxiété relative à cet état et une appréhension devant le risque d’aggravation ou de rechutes dont ils témoignent

De plus, le risque existe d’ignorer des manifestations pathologiques parfaitement curables, telles qu’un syndrome d’hyperventilation, une péricardite, une gastroparésie.

Quelles sont les approches thérapeutiques possibles ?

Même si les pistes physiopathologiques commencent à se dessiner, il persiste beaucoup d’incertitudes sur l’enchaînement des causes du Covid long. Ceci a freiné considérablement le développement de traitements dits « curatifs ».

Les recherches actuelles laissent entrevoir la découverte de marqueurs biologiques de Covid long qui rendraient possible la réalisation d’études interventionnelles

Dans l’attente, les recommandations existantes sont celles de traiter les symptômes et d’éviter les situations risquant de réactiver la maladie (efforts trop importants ou réinfections par exemple). Pour lutter contre les conséquences de l’inflammation chronique et du syndrome d’activation mastocytaire, des protocoles thérapeutiques évaluant l’impact des antihistaminiques vont notamment être mis en place.

Pour contrer l’état prothrombotique, l’intérêt des anticoagulants ou d’anti-inflammatoires actifs au niveau vasculaire va être testé. Les essais cliniques en cours établiront également si l’aphérèse a un intérêt dans ce contexte.

La rééducation occupe aussi une place primordiale dans la prise en charge : rééducation respiratoire en cas de syndrome d’hyperventilation, olfactive en cas de troubles de l’odorat, neuropsychologique ou orthophonique en cas de troubles cognitifs ou du langage, ergothérapie ou encore d’une réadaptation globale par l’activité physique adaptée dès que le patient s’en sent capable. Proposer une prise en charge psychologique, voire psychiatrique, quand celle-ci est nécessaire peut être pertinent.

Un point crucial sera la mise à disposition de traitements antiviraux efficaces, pouvant être administrés de façon prolongée, ou qui soient suffisamment puissants pour éradiquer ou contrôler le virus. Un traitement antiviral qui pourrait être disponible de façon plus large au début de l’infection pourrait également fortement limiter le risque de développement d’un Covid long. Des essais dans ce sens devraient prochainement être mis en place. Enfin, un vaccin immunogène, capable de limiter la transmission du virus, et pas seulement d’éviter les formes graves comme les vaccins actuels, est également indispensable.

Surtout, en attendant de disposer de traitements efficaces et de mieux comprendre les conséquences à moyen et long terme du Covid long, que ce soit pour les patients ou, plus largement, pour la société dans son ensemble, il est indispensable de limiter les risques d’infection, et donc la circulation du coronavirus SARS-CoV-2. D’autant plus que des infections répétées majorent le risque de Covid long.

Les auteurs remercient pour leurs commentaires et interventions constructives lors de la révision de cet article : Lisa Chakrabarti, chercheuse en Immunologie à l’Institut Pasteur, Yousra Gabr, médecin généraliste, Jérôme Larché, praticien hospitalier spécialiste de médecine interne et médecin référent régional du réseau de prise en charge du Covid long pour l’ARS Occitanie, Émilie Seyrat, ingénieure en physico-chimie, Catherine Tourette-Turgis, maîtresse de conférences au CNAM, Alain Trautmann, directeur de recherche émérite en immunologie au CNRS, ainsi que l’association ApresJ20.

Article original paru dans The Conversation

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Qu’est-ce que le virus de la variole du singe, ou monkeypox ?

Camille Besombes : Le virus de la variole du singe (« monkeypox » en anglais) appartient au genre des Orthopoxvirus, auquel appartient le virus de la variole. Il s’agit d’un gros virus à ADN qui présente une appétence particulière pour les tissus cutanés. Cependant, à la différence du virus de la variole, qui n’infectait que les humains et a ainsi pu être éradiqué suite à la vaccination massive de la population mondiale, le monkeypox a un réservoir animal. Et contrairement à ce que l’on pourrait croire, ce réservoir n’est pas le singe.

En effet, si le monkeypox doit son nom au fait d’avoir été isolé pour la première fois chez des primates captifs (en 1958 au Danemark), son réservoir serait en réalité un rongeur ou un écureuil. Le premier cas humain d’infection par le monkeypox, un enfant de 9 mois, a été détecté en 1970, en République démocratique du Congo, dans le cadre du renforcement de la campagne d’éradication de la variole.

On connaît à l’heure actuelle deux souches de virus monkeypox. La souche dite « Afrique de l’ouest », dont la létalité se situe aux alentours de 1 %, sévit au Nigéria, au Libéria, en Sierra Leone, en Côte d’Ivoire. C’est cette souche qui est impliquée dans les cas détectés actuellement en Europe. La seconde souche, dite « du bassin du Congo », circule en République démocratique du Congo (RDC), en République du Congo, en République centrafricaine (RCA), au Gabon et également au Cameroun (ce pays est situé à la limite des aires de répartition des deux souches, et des cas issus du Nigéria y ont récemment été décrits). Associée à des formes cliniques plus sévères, la souche « bassin du Congo » a une létalité de 10 %.

Rappelons cependant que ces chiffres concernent des pays où, malheureusement, la prise en charge médicale des patients est difficile dans les régions les plus reculées. Actuellement, une dizaine de patients sont hospitalisés, pour certains afin de mieux les isoler, mais aucune forme sévère n’a été recensée en Europe.

Quels sont les symptômes de la maladie ?

CB : Après une période d’incubation relativement longue (de 6 à 13 jours, voire jusqu’à 21 jours), la maladie débute par deux jours de « prodromes », des symptômes avant-coureurs de la maladie : une fièvre pouvant être élevée, des maux de tête, une augmentation du volume des ganglions lymphatiques (ce qui est un signe différentiel avec la variole), des douleurs musculaires, de la fatigue… On considère les patients contagieux dès cette phase.

Des éruptions cutanées surviennent ensuite, souvent sur le visage dans un premier temps. Elles s’étendent progressivement au reste du corps. Cette atteinte cutanée est douloureuse à cause de l’inflammation provoquée autour des lésions, de plus il y a des démangeaisons importantes. Dans le cas de la souche d’Afrique de l’Ouest, ces lésions peuvent être initialement rares et discrètes, et donc potentiellement passer inaperçues. La maladie dure typiquement de 2 à 4 semaines, et se résout spontanément dans la majorité des cas.

Les principales complications sont la survenue d’une déshydratation, à cause des pertes d’eau qui surviennent quand les lésions sont nombreuses et étendues, la surinfection bactérienne des dites lésions et des septicémies, ainsi que des lésions oculaires/cornéennes pouvant aboutir à une perte de vision. En outre, des encéphalites (inflammation du cerveau, ndlr) ont été décrites.

Les enfants sont plus souvent victimes de complications et ont de fait une mortalité plus élevée que les adultes. On suppose que les personnes immunodéprimées (notamment les individus séropositifs pour le VIH) ont aussi un risque plus important de développer des formes graves, mais les données manquent encore pour pouvoir l’affirmer avec certitude. Lors de l’épidémie au Nigéria, 4 personnes sur les 7 décédées étaient séropositives.

La prise en charge de la maladie est essentiellement symptomatique : désinfection des lésions, administration d’antibiothérapie en cas de surinfection, réhydratation… Certaines molécules antivirales sont actuellement en cours d’évaluation d’efficacité sur la variole du singe (le tecovirimat notamment), mais les résultats ne sont pas encore disponibles.

Est-ce la première fois que ce virus se propage au-delà du continent africain ? Combien de cas ont été recensés jusqu’ici, et où ?

CB : Non, ce n’est pas la première fois. Si la souche du bassin du Congo n’a jamais quitté l’Afrique, en revanche la souche ouest-africaine a déjà fait une incursion aux États-Unis en 2003, suite à l’importation d’animaux infectés. Plus récemment, plusieurs cas humains importés ont également été déclarés dans divers pays.

En 2003, les malades américains avaient été contaminés suite à un contact avec des chiens de prairie infectés, achetés dans des animaleries où ils avaient côtoyé des rats de Gambie (Cricetomys gambianus) importés du Ghana et porteurs du monkeypox. On avait dénombré 47 cas humains suspects, résultant de transmission de l’animal à l’humain (transmission dite « zoonotique »). Aucune transmission interhumaine n’avait eu lieu. À l’époque, les autorités américaines s’étaient inquiétées du risque d’installation du virus au sein d’un réservoir animal autochtone, mais cela ne s’était pas produit.

En 2017, une flambée plus importante s’est produite au Nigéria, un pays qui n’avait enregistré aucune épidémie de variole du singe depuis 40 ans. Cette épidémie dure encore aujourd’hui, alimentée par des transmissions zoonotiques et interhumaines sporadiques et régulières. Un peu plus de 500 cas suspects ont été déclarés à ce jour (parmi lesquels 215 confirmés). Point rassurant : en 5 ans, seuls 8 décès ont été déplorés.

Cette épidémie nigériane a cependant changé la donne. En effet, alors qu’auparavant le virus sévissait plutôt dans des régions forestières peu connectées au reste du pays et du monde, il a atteint en 2017 les zones urbaines du Nigéria, d’où il a pu plus facilement essaimer hors du continent. Conséquence : en 2018 plusieurs cas sont survenus à Singapour, en Israël, et en Angleterre, chez des voyageurs revenant du Nigéria.

Dans ce dernier pays, une transmission autochtone s’est produite : une aide-soignante britannique s’est contaminée en nettoyant le lit d’un patient. L’épidémie ne s’était pas propagée, mais d’autres cas ont ensuite émergé au Royaume-Uni en 2021, à nouveau en lien avec des voyageurs de retour du Nigéria, ainsi qu’aux États-Unis (deux cas déclarés).

En quoi le contexte actuel est-il différent ?

CB : La situation est très différente. Certes, le premier cas de l’épidémie actuelle, survenu le 7 mai au Royaume-Uni, était un voyageur de retour du Nigéria. Mais depuis, plusieurs autres cas ont été confirmés au Royaume-Uni sans qu’on puisse établir de lien ni avec le cas du 7 mai ni entre eux. Aucun voyage à l’étranger compatible avec une contamination n’a pu être mis en évidence, et les chaînes de transmission directes n’ont pu être établies. Cette situation suggère qu’il existe plusieurs chaînes de transmission et une circulation autochtone du virus.

Depuis le 18 mai, des cas ont aussi été détectés en Espagne (7 cas confirmés, 16 cas suspects), au Portugal (5 cas confirmés et 15 cas suspects), en Suède (1 confirmé), en Italie (1 confirmé, 2 suspects), en Belgique (1 confirmés, 2 suspects), au Canada (12 cas suspects à Montréal), en Australie (1 cas confirmé, 1 cas suspect), en Allemagne et en Belgique. Un cas a aussi été confirmé aux États-Unis (cette personne avait récemment voyagé au Canada). En France, un cas suspect a été rapporté par la Direction générale de la Santé le 19 mai. https://datawrapper.dwcdn.net/AVoPG/7/

Jusqu’ici toutes ces infections se sont avérées peu sévères. Sur les 80 cas confirmés et la cinquantaine de cas suspects, une dizaine de patients sont actuellement hospitalisés en Europe, mais plutôt dans une perspective d’isolement qu’en raison d’une gravité clinique.

Cette circulation autochtone de la maladie est complètement nouvelle. Autre nouveauté : ces cas concernent quasi uniquement des hommes jeunes, se déclarant, pour une majorité d’entre eux, comme ayant des relations sexuelles avec d’autres hommes. Un cas chez une femme a été annoncé en Espagne le 20 mai 2022.

En quoi est-ce une nouveauté ? Quels sont les modes de contamination habituels ?

CB : Les épidémies de variole du singe débutent habituellement par une transmission de l’animal à l’être humain, même si l’on en ignore les détails, et que jamais une même souche virale n’a été isolée chez un animal et un humain. Il pourrait s’agir de contact direct avec un animal vivant, pendant la chasse, ou lors de la consommation de viande de brousse.

Plus spécifiquement, dans le cadre de la recherche que nous menons en RCA, on constate une recrudescence saisonnière des épidémies faisant évoquer un lien avec certaines activités saisonnières, telles que la collecte de chenilles comestibles en forêt, suggérant une exposition à la faune locale lors de ces collectes.

Bien que des scientifiques traquent le réservoir de ce virus depuis les années 1970, il n’a été isolé chez des animaux sauvages qu’à 5 reprises jusqu’à aujourd’hui : en 1985 en République Démocratique du Congo chez un écureuil, le Funisciure à dos rayé (Funisciurus anerythrus, que l’on suspecte être le réservoir du monkeypox), puis en 1992 chez un singe mangabey (Cercocebus atys) en Côte d’Ivoire, et enfin, deux décennies plus tard, chez le rat de Gambie et un autre rongeur (Stochomys longicaudatus), ainsi que chez un autre Funisciure (Funisciurus bayonii). À l’heure actuelle, les principaux suspects sont donc les rongeurs, dont les écureuils.

Fait intéressant, le monkeypox a été isolé sur des faeces de chimpanzés, dans le parc National Taï en Côte d’Ivoire, lors d’une épidémie chez les primates, suggérant la possibilité d’une contamination environnementale.

Au-delà de la transmission zoonotique, une transmission interhumaine se produit, suite à un contact direct et prolongé avec des malades, avec leurs fluides corporels ou en touchant des surfaces contaminées (vêtements, literie, surfaces…), la plupart du temps au sein du foyer.

Une transmission par gouttelettes respiratoires est aussi évoquée, mais ce point est difficile à établir clairement. En effet, les contaminations se produisent généralement au sein de familles, où la proximité est étroite et les modes de contacts nombreux et variés. En Afrique, des transmissions nosocomiales ont aussi été documentées.

Lors de la description détaillée des cas de l’épidémie du Nigéria de 2017, la forte proportion d’atteintes génitales (68 %) a pour la première fois fait suspecter une potentielle transmission par contacts rapprochés lors des rapports sexuels. Cette proportion est également très élevée pour les cas en RCA pour lesquels nous disposons de cette donnée.

Les contacts intimes et rapprochés lors de rapports sexuels expliqueraient la facilitation d’une transmission interhumaine d’un virus connu habituellement comme peu transmissible. Cette hypothèse semble appuyée par le fait que – pour l’instant – les cas « hors Afrique » de ces dernières semaines concernent majoritairement des hommes jeunes ayant des rapports avec d’autres hommes, ou se définissant comme homosexuels. Précisons que cette transmission pourrait survenir également lors de rapports hétérosexuels.

Doit-on craindre une forte dissémination de cette maladie ? Comment faire pour la limiter ?

Pour l’instant, on ne peut avoir aucune certitude sur ce qui va advenir. Le problème, ce sont ces nouveaux cas qui ne correspondent encore à aucune chaîne de transmission définie. Comme le montre l’évolution quotidienne et en raison d’une incubation relativement longue, le risque est réel que de nouvelles infections se déclarent dans les pays déjà touchés ou dans d’autres pays au cours des prochains jours ou des prochaines semaines. Plusieurs cas survenus en Espagne et en Italie apparaissent en lien avec un évènement festif sur les îles Canaries entre le 5 et le 15 mai, ayant rassemblé 80 000 personnes, et ayant pu jouer le rôle d’évènement propagateur. De la même façon, en Espagne, pays présentant le plus grand nombre de cas à ce jour, un sauna dans la capitale semble avoir été un foyer de contaminations.

Afin de limiter la propagation du virus, il faut sensibiliser et informer les communautés et personnes concernées ainsi que les médecins, afin d’identifier rapidement tous les cas et retracer leurs contacts. Une difficulté pour les médecins est que les lésions ressemblent à celles de la varicelle, et que les lésions génitales peuvent être confondues avec les symptômes de certaines MST (syphilis, herpès…). Un test PCR et l’isolement du virus permettent de confirmer le diagnostic, mais seuls certains laboratoires spécialisés sont équipés pour mener ce type d’analyses.

Un point plutôt rassurant est que les épidémies de variole du singe s’éteignent assez vite spontanément. La chaîne de transmission la plus longue identifiée s’étendait sur 7 générations, autrement dit 7 humains se passent consécutivement la maladie avant que la transmission ne s’arrête.

Les raisons de cette extinction spontanée de la propagation sont mal comprises. Une hypothèse est que ces épidémies surviennent jusque-là dans de petits villages, au sein de communautés de taille limitée avec certains individus potentiellement déjà immunisés : le virus ne contamine alors que les gens qui n’ont jamais été en contact avec lui. L’épidémie de 2003 aux États-Unis s’était aussi arrêtée rapidement, sans contamination interhumaine secondaire.

À suivre cette fois-ci…

Le vaccin contre la variole pourrait-il être utilisé contre ce virus ?

CB : On sait que l’infection naturelle par le virus de la variole confère une protection croisée contre la variole du singe. Dans les années 1980, il avait été montré que le vaccin contre la variole conférait lui aussi une protection croisée, estimée à 85 %. Cependant, ces estimations ont été faites quelques années seulement après les campagnes de vaccination massive visant l’éradication de la variole. Actuellement, on considère que l’efficacité tourne plutôt autour de 65 %.

Par ailleurs, la vaccination antivariolique a été suspendue dans les années 1980, après l’éradication de la maladie. Aujourd’hui seuls certains personnels de santé sont encore vaccinés (pour être en capacité de répondre à un risque bioterroriste – le virus restant stocké sous haute surveillance dans certains laboratoires). La première génération de vaccin antivariolique n’est plus utilisée, en raison d’effets indésirables importants.

Pour l’instant, le vaccin le plus à même d’être déployé si nécessaire est un vaccin dit « de 3^e génération », Imvamune (ou Imvanex). Il s’agit d’un vaccin atténué, toutefois, contrairement aux vaccins plus anciens, il peut être administré aux personnes immunodéprimées. Il a déjà été utilisé en Israël, à Singapour, et au Royaume-Uni chez des personnels de santé et les contacts des cas importés. Son efficacité est actuellement en cours d’évaluation en RDC, chez les personnels de santé.

Des vaccins de 4^e génération sont aussi en cours de développement. Il s’agit de vaccins « sous-unitaires », qui ne contiennent plus de virus atténué, mais uniquement des fragments. Leur efficacité est aussi en cours d’évaluation.

Le vaccin peut être utilisé non seulement en pré-exposition (administration avant la rencontre avec le virus), mais également en post-exposition. Aux États-Unis, la recommandation est de l’administrer de préférence dans les 4 jours post-exposition, et jusqu’à 14 jours.

Risque-t-on de voir émerger d’autres variants du monkeypox ? Le génome du virus qui circule actuellement en Europe est-il rigoureusement le même que celui de la souche ouest-africaine ?

CB : Le monkeypox étant un virus à ADN, il est moins susceptible de muter que des virus à ARN comme le SARS-CoV-2.

Il est assez facile de déterminer si on a affaire à la souche d’Afrique de l’Ouest ou à celle du bassin du Congo : il suffit pour cela de séquencer de courtes séquences spécifiques de son ADN. En revanche, étant donné la grande taille du génome de ce virus, il est plus long et fastidieux d’obtenir une séquence complète, ce qui est nécessaire pour détecter plus finement les différences de séquences, et ainsi établir les chaînes de transmission et les liens entre les cas. Mais l’expérience du SARS-CoV-2 nous a prouvé qu’une mobilisation générale pouvait accélérer grandement les choses…

Les premiers séquençages effectués chez un patient portugais et un patient belge mettent en évidence d’une part la proximité génétique de ce virus avec ceux isolés au Nigéria et lors des précédentes exportations de 2018, et la similitude des deux génomes, évoquant une transmission communautaire en Europe. D’autres séquençages sont nécessaires pour répondre à toutes les interrogations persistantes, et notamment pour voir si une adaptation du génome est en cours et cela vers une transmissibilité plus grande du virus. Pour l’instant, il n’y a pas d’éléments qui vont dans ce sens.

Afin de mieux comprendre la variole du singe et ses dynamiques de circulation. l’Institut Pasteur et ses partenaires en France et en RCA ont mis en place en 2019 le projet Afripox. En quoi consiste-t-il ?

CB : Ce projet transdisciplinaire a été mis en place après qu’Emmanuel Yandoko Nakoune, qui dirige le laboratoire des arbovirus, fièvres hémorragiques, virus émergents et zoonoses à l’Institut Pasteur de Bangui en RCA a signalé une augmentation du nombre d’épidémies de variole du singe dans le pays.

Plus largement, durant les dernières décennies, il a été constaté une augmentation du nombre et de la fréquence des épidémies de variole du singe en Afrique, ainsi qu’une expansion vers des zones où la maladie n’était pas endémique. L’amélioration de la surveillance et la diminution de l’immunité (la vaccination antivariolique a été arrêtée en 1980) contribuent probablement à cette augmentation, cependant celle-ci semble aussi refléter une circulation virale accrue, dans une région du monde qui connaît des perturbations écologiques majeures.

Devant le grand nombre d’inconnues autour de l’épidémiologie de la variole du singe, l’idée de ce projet était de s’appuyer sur la surveillance nationale déjà en place en RCA pour développer une approche One Health de la variole du singe en s’intéressant à ses aspects épidémiologique, écologique, zoologique, anthropologique et virologique.

En partenariat avec des chercheurs du Muséum national d’histoire naturelle, nous tentons par exemple d’identifier son réservoir animal. Avec l’équipe du SESSTIM à Marseille, nous explorons l’écologie de la maladie afin de comprendre par exemple ce qui explique sa répartition plutôt forestière, de cerner l’impact de la déforestation sur les épidémies, de déterminer s’il existe une saisonnalité, etc.

La mise au point de tests PCR diagnostics utilisables sur le terrain, par l’équipe de la Cellule d’Intervention Biologique d’Urgence (Cibu) à l’Institut Pasteur de Paris, est également un des buts d’Afripox (actuellement, les échantillons suspects sont analysés à Bangui). Cela permettrait de réduire le délai de confirmation et de faciliter la mise en place rapide de mesures appropriées.

Enfin, les aspects épidémiologiques et anthropologiques sont explorés par les équipes de l’Institut Pasteur Paris (Unité d’épidémiologie des maladies émergentes et unité Anthropologie et écologie de l’émergence des maladies), en collaboration avec les chercheurs locaux, afin de déterminer plus précisément quels sont les facteurs de risque de transmission zoonotique ou interhumaine, et pourquoi la variole du singe est en augmentation depuis les années 1980. En effet, s’il est essentiel de comprendre la dynamique de cette nouvelle épidémie à propagation interhumaine et sa présentation relativement inédite, la compréhension de l’émergence et de la circulation de la variole du singe sur son continent d’origine est tout aussi fondamentale.

Lorsqu’Afripox a été mis en place, voici 3 ans, peu de gens imaginaient que cette maladie risquait un jour de quitter le continent africain pour se disséminer sur la planète. L’épidémie actuelle souligne une nouvelle fois l’importance d’investir dans la recherche scientifique sur le temps long, afin de se préparer à toutes les éventualités…

Illustration d’en-tête : virus du monkeypox par micrographie électronique (source Wikipédia)

Cet article est paru initialement dans The Conversation.

Lire la foire aux questions monkeypox de l’OMS (version française par Science infuse)

Lire le guide d’investigation des cas de monkeypox de l’OMS (version française par Science infuse)

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