Six conseils pour vous aider à détecter de fausses news scientifiques

Publié le par e-Citizen

Par Marc Zimmer, Professeur de chimie, Connectictut College

Je suis professeur de chimie, je suis titulaire d’n doctorat et je mène mes propres recherches scientifiques. Pourtant, lorsque je consomme des médias, je dois souvent me demander : ” Est-ce de la science ou de la fiction ? “

Il existe de nombreuses raisons pour lesquelles une histoire scientifique peut ne pas être solide. Les charlatans profitent de la complexité de la science, certains fournisseurs de contenu ne savent pas distinguer la mauvaise science de la bonne et certains politiciens colportent de la fausse science pour soutenir leurs positions.

Si la science semble trop belle pour être vraie ou trop farfelue pour être réelle, ou si elle soutient de manière très commode une cause controversée, il est préférable de vérifier sa véracité.

Voici six conseils pour vous aider à détecter la fausse science.


Conseil 1 : Recherchez le sceau d’approbation de l’examen par les pairs

Les scientifiques s’appuient sur des articles de journaux pour partager leurs résultats scientifiques. Ils permettent au monde entier de savoir quelles recherches ont été effectuées et comment.

Lorsque les chercheurs sont sûrs de leurs résultats, ils rédigent un manuscrit et l’envoient à une revue. Les rédacteurs en chef transmettent les manuscrits soumis à au moins deux examinateurs externes spécialisés sur le sujet. Ces examinateurs peuvent suggérer que le manuscrit soit rejeté, publié tel quel ou renvoyé aux scientifiques pour de nouvelles expériences. Ce processus est appelé ” évaluation par les pairs “.

Les recherches publiées dans des revues à comité de lecture ont fait l’objet d’un contrôle de qualité rigoureux par des experts. Chaque année, quelque
2 800 revues à comité de lecture publient environ 1,8 million d’articles scientifiques. Le corpus de connaissances scientifiques est en constante évolution et mis à jour, mais vous pouvez être sûr que la science décrite par ces revues est solide. Les politiques de rétractation permettent de corriger le dossier si des erreurs sont découvertes après la publication.

“Revu par les pairs” (peer-reviewed) signifie que d’autres experts scientifiques ont vérifié l’étude à la recherche de tout problème avant publication

L’examen par les pairs prend des mois. Pour accélérer la diffusion, les scientifiques publient parfois leurs articles de recherche sur ce que l’on appelle un serveur de preprint. Ces serveurs portent souvent le nom de “RXiv” (prononcé “archive”) : MedRXiv, BioRXiv, etc. Ces articles n’ont pas été examinés par des pairs et ne sont donc pas validés par d’autres scientifiques. Les prépublications permettent à d’autres scientifiques d’évaluer et d’utiliser plus rapidement les recherches comme éléments de base de leurs propres travaux.

Depuis combien de temps ce travail se trouve-t-il sur le serveur de preprint ? Si cela fait des mois et qu’il n’a pas encore été publié dans la littérature évaluée par les pairs, soyez très sceptique. Les scientifiques qui ont soumis le preprint appartiennent-ils à une institution réputée ? Au cours de la crise de la COVID-19, alors que les chercheurs s’efforcent de comprendre un nouveau virus dangereux et s’empressent de mettre au point des traitements susceptibles de sauver des vies, les serveurs de preprint ont été jonchés de données scientifiques immatures et non prouvées. Des normes de recherche rigoureuses ont été sacrifiées au profit de la rapidité.

Un dernier avertissement : Soyez attentifs aux recherches publiées dans ce que l’on appelle des revues prédatrices. Elles n’évaluent pas les manuscrits par des pairs et font payer les auteurs pour les publier. Les articles publiés dans l’une des milliers de revues prédatrices connues doivent être traités avec beaucoup de scepticisme.


Conseil n° 2 : cherchez vos propres angles morts

Méfiez-vous des biais de votre propre pensée qui pourraient vous prédisposer à tomber dans le panneau d’une fausse nouvelle scientifique.

Les gens accordent à leurs propres souvenirs et expériences plus de crédit qu’ils ne le méritent, ce qui rend difficile l’acceptation de nouvelles idées et théories. Les psychologues appellent cette bizarrerie le biais de disponibilité. Il s’agit d’un raccourci intégré utile lorsque vous devez prendre des décisions rapides et que vous n’avez pas le temps de faire une analyse critique d’un grand nombre de données, mais il nuit à vos capacités de vérification des faits.

Dans la lutte pour attirer l’attention, les déclarations sensationnelles l’emportent sur des faits peu excitants, mais plus probables. La tendance à surestimer la probabilité d’événements frappants s’appelle le biais de saillance. Il conduit les gens à croire, à tort, des résultats trop médiatisés et à faire confiance à des politiciens confiants plutôt qu’à des scientifiques prudents.

Un biais de confirmation peut également être à l’œuvre. Les gens ont tendance à accorder du crédit aux nouvelles qui correspondent à leurs croyances existantes. Cette tendance aide les négationnistes du changement climatique et les partisans de l’anti-vaccin à croire en leur cause malgré le consensus scientifique qui s’y oppose.

Les pourvoyeurs de fake news connaissent les faiblesses de l’esprit humain et tentent de tirer parti de ces biais naturels. Une formation peut vous aider à reconnaître et à surmonter vos propres biais cognitifs.


Conseil n° 3 : corrélation n’est pas causalité

Ce n’est pas parce que vous pouvez voir une relation entre deux choses que l’une cause l’autre.

Même si les enquêtes révèlent que les personnes qui vivent plus longtemps boivent plus de vin rouge, cela ne signifie pas qu’une consommation quotidienne prolongera votre espérance de vie. Il se peut simplement que les buveurs de vin rouge soient plus riches et bénéficient de meilleurs soins de santé, par exemple. Surveillez cette erreur dans l’actualité sur la nutrition.

Ce qui fonctionne bien chez les rongeurs peut ne pas fonctionner du tout chez vous

Conseil 4 : Qui étaient les sujets de l’étude ?

Si une étude impliquait des sujets humains, vérifiez si elle était contrôlée par placebo. Cela signifie que certains participants sont désignés au hasard pour recevoir le traitement – comme un nouveau vaccin – et que d’autres reçoivent une version factice qu’ils peuvent croient réelle, le placebo. De cette façon, les chercheurs peuvent déterminer si l’effet observé est dû au médicament testé.

Les meilleurs essais sont également menés en double aveugle : Pour éliminer tout parti pris ou idée préconçue, ni les chercheurs ni les volontaires ne savent qui reçoit le médicament actif ou le placebo.

La taille de l’essai est également importante. Lorsqu’un plus grand nombre de patients sont recrutés, les chercheurs peuvent identifier plus rapidement les problèmes de sécurité et les effets bénéfiques, et les différences entre les sous-groupes sont plus évidentes. Les essais cliniques peuvent porter sur des milliers de sujets, mais certaines études scientifiques impliquant des personnes sont beaucoup plus petites ; elles doivent expliquer comment elles ont obtenu la confiance statistique qu’elles prétendent présenter.

Vérifiez que toute recherche sur la santé a réellement été menée sur des personnes. Ce n’est pas parce qu’un médicament est efficace sur des rats ou des souris qu’il le sera pour vous.


Conseil n° 5 : la science n’a pas besoin de “camps”.

Si un débat politique nécessite deux camps opposés, ce n’est pas le cas d’un consensus scientifique. Lorsque les médias interprètent que l’objectivité signifie temps équivalent, cela nuit à la science.


Conseil n° 6 : Il se peut qu’un rapport clair et honnête ne soit pas l’objectif

Pour attirer l’attention de leur public, les émissions matinales et les talk-shows ont besoin de quelque chose d’excitant et de nouveau ; l’exactitude peut être moins prioritaire. De nombreux journalistes scientifiques font de leur mieux pour couvrir avec précision les nouvelles recherches et découvertes, mais beaucoup de médias scientifiques sont plus considérés comme divertissants qu’éducatifs. Dr Oz, Dr Phil et Dr Drew ne devraient pas être vos sources médicales privilégiées.

Méfiez-vous des procédures et produits médicaux qui semblent trop beaux pour être vrais. Soyez sceptique en ce qui concerne les témoignages. Pensez aux motivations des principaux acteurs et à ceux qui ont intérêt à gagner de l’argent.

Si vous restez méfiant(e) concernant des informations diffusées par les médias, assurez-vous qu’elles reflètent les résultats réels de la recherche en lisant l’article lui-même.

Traduit par Citizen4Science, article original paru dans The Conversation, lien vers l’article original : https://theconversation.com/6-tips-to-help-you-detect-fake-science-news-153708

Les bactéries “brassent” leur génétique pour développer une résistance aux antibiotiques à la demande

Publié le par e-Citizen

Par Célia Souque @Celia_Sqe, Chercheuse postdoctorale, Microbiologie, Université d’Oxford – membre de Citizen4Science

Pour stopper la résistance aux antibiotiques, les scientifiques ont besoin de savoir comment les bactéries deviennent résistantes.

La résistance aux antibiotiques, c’est-à-dire la capacité des bactéries novices à survivre au traitement par antibiotiques, est une menace croissante. Elle rend plus difficile le traitement d’infections potentiellement mortelles, comme la tuberculose, le SARM (Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline) et la gonorrhée, et augmente les risques liés à des interventions chirurgicales, même mineures.

Pour résoudre le problème de la résistance aux antibiotiques, les chercheurs doivent d’abord comprendre comment empêcher la résistance de se manifester. Une étude récente que j’ai menée avec des collègues de l’université d’Oxford a permis de mieux comprendre ce phénomène en montrant que les bactéries peuvent réorganiser intelligemment leur génétique afin d’échapper aux effets d’un antibiotique.

Les bactéries ont plusieurs façons de développer une résistance. Elles peuvent muter pour empêcher les antibiotiques de les cibler, ce qui peut se faire en modifiant les protéines de la cellule où agissent les antibiotiques. Elles peuvent également acquérir des gènes qui les aident à produire des molécules destructrices d’antibiotiques, appelées enzymes.

Cependant, toutes ces stratégies ont un coût pour les bactéries résistantes. La production d’enzymes de résistance nécessite beaucoup d’énergie. Les protéines modifiées ne peuvent pas non plus être aussi efficaces qu’auparavant. Ces deux facteurs entravent lourdement les bactéries et font qu’elles se reproduisent plus lentement en l’absence d’antibiotiques. Les bactéries résistantes perdent ainsi la compétition contre les autres bactéries pour les précieux nutriments et ressources, ce qui menace leur survie.

Le coût de la résistance aux antibiotiques. Célia Souque

Mais les bactéries résistantes ont trouvé un moyen de devenir résistantes aux antibiotiques tout en limitant les coûts qui y sont associés. Ma récente étude a montré comment l’un de ces mécanismes, impliquant ce que l’on appelle un intégron, offre aux bactéries un potentiel incroyable pour acquérir des niveaux élevés de résistance tout en réduisant son coût énergétique. Il est donc plus facile pour les bactéries résistantes aux antibiotiques de survivre, et de prospérer.

Les intégrons sont des morceaux d’ADN, uniques aux bactéries, qui permettent à celles-ci de stocker des gènes acquis auprès d’autres bactéries résistantes. Ces gènes de résistance sont alignés l’un après l’autre dans le génome de la bactérie, formant des “réseaux”. La position des gènes dans la matrice a un impact important sur les niveaux de résistance de la bactérie.

Les gènes présents vers le début de la matrice sont fortement exprimés (ce qui signifie qu’ils sont utilisés de façon active) et offrent des niveaux de résistance élevés. Les gènes situés à l’arrière sont maintenus silencieux et peuvent être conservés à faible coût, ce qui réduit leur impact sur la bactérie.

Comment les intégrons fonctionnent.

De plus, les intégrons sont dotés d’une astuce fantastique : une enzyme, appelée intégrase, qui permet aux bactéries de couper et de déplacer les gènes dans le réseau lorsque les bactéries sont en danger. On pense que l’intégrase donne aux bactéries la capacité de “mélanger” l’ordre de leurs gènes, ce qui leur permet de moduler leur niveau de résistance à la demande. Notre étude est la première à vérifier cette hypothèse.

Pour voir dans quelle mesure les intégrons peuvent être utiles aux bactéries, nous avons construit en laboratoire des intégrons personnalisés contenant un gène de résistance pertinent en dernière position. Certains d’entre eux étaient dotés d’une enzyme intégrase présentant un dysfonctionnment, ce qui les empêchait de déplacer leurs gènes. Cela nous a permis de mesurer l’impact du brassage des gènes sur la résistance aux antibiotiques.

Nous avons ensuite utilisé une approche appelée “évolution expérimentale”, dans laquelle nous avons soumis les bactéries à des doses croissantes d’antibiotiques et observé leur durée de survie. Cette technique nous a permis de mesurer directement la capacité des bactéries à développer leur résistance.

Exemple d’évolution expérimentale en action.

Nous avons montré que les bactéries qui pouvaient mélanger leurs gènes survivaient plus longtemps et développaient une résistance plus fréquemment que celles qui ne le pouvaient pas. Cela montre comment les intégrons peuvent aider les bactéries à développer des niveaux élevés de résistance aux antibiotiques en réponse à un traitement par antibiotiques.

Il est intéressant de noter que ce brassage est souvent lié à la perte des autres gènes de résistance présents dans la bactérie. En déplaçant les gènes pour devenir résistantes à l’antibiotique choisi, les bactéries ont perdu certains de leurs autres gènes de résistance, devenant ainsi sensibles à ces autres antibiotiques.

Nouvelles stratégies

Les résultats de notre étude fournissent des stratégies potentielles pour contrer les intégrons et leur rôle dans l’évolution de la résistance. Par exemple, les antibiotiques pourraient être associés à des médicaments capables d’inhiber l’enzyme intégrase afin de réduire le brassage des gènes. Les médicaments qui stoppent la “réponse SOS” de la bactérie – sa réaction de dernier recours aux antibiotiques – limiteraient également le brassage des intégrons. Les médicaments dits “anti-évolution”, qui ne tuent pas directement les bactéries mais aident à prévenir l’évolution de la résistance, sont actuellement un domaine de recherche actif.

Une autre solution consisterait à exploiter le brassage des intégrons pour favoriser la perte des gènes de résistance en passant par différents antibiotiques. Cela permettrait d’orienter l’évolution des bactéries de manière à les rendre sensibles à des antibiotiques auparavant inutilisables.

Les intégrons sont apparus il y a des millions d’années. Mais aujourd’hui, ils se sont révélés être un mécanisme unique permettant aux bactéries de s’adapter à l’utilisation des antibiotiques par l’homme et de développer une résistance à ces derniers.

Bien que les antibiotiques sauvent d’innombrables vies chaque année, ils doivent également être utilisés avec précaution pour éviter la propagation de bactéries et de maladies résistantes aux antibiotiques. Une meilleure compréhension de la manière dont les bactéries développent une résistance nous permettra d’améliorer la manière dont nous utilisons nos antibiotiques actuels, ainsi que ceux que nous développerons à l’avenir.

Traduit par Citizen4Science, article original paru dans The Conversation UK, lien vers l’article original : https://theconversation.com/bacteria-shuffle-their-genetics-around-to-develop-antibiotic-resistance-on-demand-156439

Des scientifiques inventent un test COVID-19 à domicile utilisant des capsules de machine à café

Publié le par e-Citizen

par Mark Lorch, professeur de communication scientifique et de chimie, Université de Hull

La transition vers le télétravail e n’est pas sans poser des problèmes à tout le monde, mais lorsque votre travail consiste à rechercher des applications biologiques des nanotechnologies, ces épreuves sont un peu plus compliquées que de jongler avec l’utilisation du haut débit du domicile. On pourrait donc s’attendre à ce que les recherches du chimiste organique Vittorio Saggiomo, du groupe Bionanotechnologie de l’Université et de la Recherche de Wageningen, aux Pays-Bas, s’arrêtent net.

Mais Saggiomo est du genre créatif et imaginatif, et il a commencé à se demander s’il ne pourrait pas utiliser des appareils ménagers courants pour lutter contre la COVID-19. Plus précisément, il s’est demandé s’il pourrait créer un test domestique bon marché et très sensible pour le virus. Et il s’avère que oui. Son équipe vient de publier son idée sur un serveur de pre-print, ChemArxiv. L’article doit encore être examiné par d’autres scientifiques.

À l’heure actuelle, il existe deux principaux types de tests pour le COVID-19 : le test PCR et le test de flux latéral ( lateral flow test, LFT). Le test PCR, qui constitue la norme, vérifie la présence du virus en détectant son matériel génétique, l’ARN. Mais un écouvillon contient des quantités infimes de matériel viral, qui doit donc être converti en ADN et amplifié avant de pouvoir être détecté. Pour ce faire, on utilise la “réaction en chaîne par polymérase”, qui est l’acronyme de PCR (polymerase chain reaction).

Le processus implique des cycles répétés à travers une gamme de températures comprises entre 50 °C et 90 °C. À chaque cycle, la quantité d’ADN double, de sorte qu’après 30 cycles, plus d’un milliard de copies du matériel viral peuvent être créées à partir d’un seul brin de matériel de départ. Le matériel amplifié est ensuite détecté à l’aide de marqueurs fluorescents qui se fixent sur les séquences d’ADN viral.

La PCR est ainsi une technique très sensible, mais elle nécessite un matériel et un équipement spécialisés. C’est pourquoi les tests sont envoyés à un laboratoire, et 24 à 48 h sont nécessaires pour obtenir le résultat.

Le deuxième test courant est un test de flux latéral (lateral flow test, LFT). Ces tests fonctionnent en détectant des fragments d’enveloppes de protéines virales. Les bandes des LFT contiennent des anticorps qui se lient au virus. Ces anticorps sont marqués par de minuscules particules d’or, qui apparaissent en rouge, ce qui permet de les voir sur l’appareil de test. Les anticorps marqués s’accumulent sur des bandes distinctes sur le LFT, selon que le virus est présent ou non.

Les tests LFT sont rapides, bon marché et faciles à utiliser, ce qui les rend idéaux pour les tests communautaires et à domicile. Mais ils sont loin d’être aussi sensibles que les tests PCR ; ils ne peuvent identifier que les personnes présentant une charge virale élevée. Cela signifie que de nombreuses personnes infectées obtiendront un faux résultat négatif avec ces tests.

Les tests CoroNaspresso

Idéalement, nous avons besoin d’un test à domicile qui soit aussi facile à utiliser que les LFT mais aussi sensible que le test PCR. Un excellent candidat est une méthode appelée amplification isotherme médiée par les boucles (loop-mediated isothermal amplification, Lamp). Cette méthode fonctionne selon des principes très similaires à ceux de la PCR, en produisant des copies multiples du matériel génétique de départ, que l’on peut obtenir à partir d’un écouvillon. Elle présente aussi certains avantages clés.

Par exemple, elle peut être associée à une “lecture en couleur” très pratique. Lorsque la réaction de Lamp se produit, elle entraîne une augmentation de l’acidité de l’échantillon. Cela signifie que l’on peut ajouter une substance qui change de couleur en fonction de la valeur du pH dans le mélange réactionnel, fournissant ainsi une indication visuelle d’un résultat positif ou négatif. Un autre avantage est que les réactions de Lamp sont réalisées à une température fixe (environ 65 °C) au lieu de nécessiter un cycle constant à travers une gamme de températures.

Néanmoins, la réaction de Lamp nécessite toujours un contrôle précis de la température. Les systèmes de contrôle de la température, qu’il s’agisse d’une machine PCR, d’un instrument Lamp ou d’un four domestique, sont généralement réalisés à l’aide de thermostats électroniques. Cependant, la fabrication et l’expédition de nouveaux appareils électroniques spécialement conçus pour les tests de Lamp à domicile sont peu pratiques (surtout en pleine pandémie). M. Saggiomo a donc essayé de trouver un moyen de contourner ce problème. Il a découvert des substances appelées matériaux à changement de phase, qui absorbent l’énergie (la chaleur) lorsqu’ils fondent et maintiennent ainsi une température constante.

Après avoir trouvé une cire faite d’un tel matériau qui fondait exactement à la température requise, Saggiomo s’est attelé à la construction d’un dispositif pour loger les tubes de réaction de la lampe et les morceaux de cire. Ce dispositif devait ensuite être inséré dans un autre matériau qui pouvait être chauffé. Le boîtier parfait s’est avéré être sous son nez en préparant son café du matin : Les capsules de la machine à café Nespresso.

L’étape finale consistait à trouver le bon moyen de chauffer les capsules. Après avoir essayé le lave-vaisselle (ça marchait, mais les échantillons se perdaient), le four à micro-ondes (échec, car les tubes surchauffaient et les couvercles se détachaient) et des tasses remplies d’eau chaude (pas assez de contrôle de la température), Saggiomo a opté pour une simple casserole d’eau frémissante sur la cuisinière. Le dispositif “CoroNaspresso” ainsi obtenu, lorsqu’il a été testé par d’autres membres de l’équipe avec des écouvillons provenant de six personnes, a correctement identifié trois cas de COVID-19 (ceux-ci avaient une couleur différente de celle des tests négatifs).

Le test, y compris les capsules, la cire à changement de phase et les flacons dans lesquels insérer le matériel génétique, serait facile à produire par millions. Les gens pourraient ensuite prélever du matériel génétique chez eux et chauffer les capsules pour obtenir leurs résultats. Ces dispositifs sont également bon marché (environ 0,20 €), faciles à fabriquer, faciles à utiliser et largement recyclables. Peut-être verrons-nous bientôt les tests CoroNespresso dans nos foyers, mais ne les confondez pas avec vos dosettes de café habituelles.

Traduit de l’anglais par Citizen4Science, article original paru le 06/04/2021 dans The Conversation :
https://theconversation.com/scientists-invent-home-covid-19-test-using-coffee-machine-capsules-158082

Sondage ATU bamlanivimab auprès des membres de C4S

Publié le par e-Citizen

Suite à la publication d’une Autorisation temporaire d’utilisation d’un anticorps monoclonal, le bamlanivimab, Citizen4Science a vivement réagi en publiant un communiqué dès le 28 février, suivi par la Société française de pharmacologie et de thérapeutique le lendemain, puis par la SPILF.

Nous nous insurgions contre l’autorisation d’un produit non éprouvé assorti de risques dépassant le cadre de al simple évaluation du rapport bénéfice/risque du médicament expérimental (risque d’hospitalisation, risque de sélection de variants, d’engorgement des hôpitaux en lien à une faisabilité faible, d’alimentation des théories complotistes,…).

Citizen4Science a été la première a réagir par voie de communiqué ainsi qu’à demander l’annulation pure et simple de cette ATU, pointant les autorités sanitaires et le laboratoire concerné par la soumission d’un dossier insuffisant.

Cette affaire a été largement médiatisée, et nous avons voulu savoir la perception des membres au moyen d’un sondage.

En voici les résultats.

L’échantillon représente un peu plus de 15 % de la communauté C4S avec 130 répondants.

Le communiqué est paru le 28 février et le sondage a été fait pendant la période des vacances scolaires.
On voit néanmoins que presque tout le monde était au courant de la polémique ATU bamlanivimab.

 

 

Sur le fond la grande majorité des répondants, soit près de 71 %, adoptent l’avis formulé par C4S dans son communiqué, à savoir que l’ATU n’est pas justifiée.

On notera cependant que plus d’un quart des répondants ne savent pas répondre à cette question.

Pour analyser cela, voyons déjà si les répondants ont lu le communiqué de C4S qui justifie notre position :

On s’aperçoit que les proportions coïncident avec 73 % de répondants qui ont lu le communiqué.

On ne tombera surtout pas dans le piège d’en conclure que ceux qui n’ont pas lu le communiqué n’ont pas d’avis sur le sujet, car techniquement nous ne pouvons pas le savoir.

Nous sommes cela dit rassurés de savoir que l’écrasante majorité des répondants ne sont pas  partagent la position du communiqué de l’association.

Nous avions posé une question supplémentaire à réponse libre : “En cas de réponse “Non ou Partiellement” (sur l’accord ou non avec le communiqué), sur quoi n’êtes-vous pas d’accord ?

On trouve principalement les réponses suivantes :

– Communiqué non lu (conduisant à réponse “partiellement”)
– C’est aux médecins des patients potentiels de décider (là, il va falloir que le membre concerné se manifeste pour qu’on lui explique !)
– Le communiqué est trop technique pour bien comprendre (plusieurs fois).

Cette dernière réponse nous interpelle. Le sujet du communiqué est très technique car il est multi-disciplinaire : pharmacologie, réglementaire, sanitaire, le sujet est complexe et relève ainsi d’expertises multiples.
Finalement, il est normal pour un citoyen de ne pas avoir d’avis sur des sujets hautement techniques. Pour des Citizens (membres de C4S), on peut imaginer qu’ils sont plus avertis sur le sujet. Il aurait été intéressant de faire un sondage comparatif dans la population générale.

Autre point : un communiqué est à destination de tout public mais n’est pas  pour autant un document de vulgarisation.

Aussi, nous avons tenté de représenter graphiquement nos messages principaux du communiqué, qui s’articulent autour de risques multiples que représente cette ATU, en espérant que certains y trouveront un intérêt :

 

 

 

 

 

Crise sanitaire : le coup de gueule de Réanimumab

Publié le par e-Citizen

Réanimumab @reanimumab “Médecine et gauchisme, dans le désordre” – Texte paru sur Twitter le 25/03/2021

J’aime pas trop me plaindre mais là je pète un câble je suis épuisé et je suis en colère.
Aujourd’hui j’ai un patient qui est mort du covid, 60 ans, en pleine forme. C’est le troisième cette semaine. J’ai annoncé à une fille de 12 ans qu’on allait mettre son papa sous assistance respiratoire. Et j’ai intubé un autre monsieur encore dans un état gravissime.

C’est mon boulot. C’est dur, psychiquement. C’est atroce d’annoncer à des gens que leur mari, leur papa, leur frère, est mort. Je ne m’y ferai jamais.
Mais c’est mon taff.

Mais ce qui me met dans une rage folle, c’est que ces morts étaient évitables.

Ça fait des semaines que le conseil scientifique dit qu’il faut confiner. Que les autres pays le font. Que les soignants préviennent.
Et que plein de gens “lambda” demandent le confinement en se disant bien qu’il vaut mieux 2 mois stricts que 6 mois de demi-mesures avec un confinement quand même à la fin.
Mais non. Notre président a lu tellement d’étude qu’il pourrait présenter l’agrégation d’épidémiologie. Et « ça serait un formidable coup politique si on réussissait sans confiner »
Ça fait 3 mois qu’on voit Castex et Véran venir tortiller du cul à la télé tous les jeudis pour dire que « la situation est grave et nous allons peut-être prendre des mesures plus strictes » puis que « nous allons demander aux préfets de discuter avec les maires pour décider de peut-être prendre des mesures un peu plus stricte » puis que « nous allons confiner l’île de France mais en gardant les églises les opticiens les coiffeurs et les disquaires ouverts ».

Putain mais 300 morts par jour quoi.

Et puis on change chaque semaine les critères pour dire que ça va pas. « Tant que les réas sont pas pleines ça va » et puis « elles sont pleine mais on peut évacuer par tgv mais ça va ».
Mais depuis quand être admis en réa c’est acceptable ?? C’est un malade sur trois qui meurt, et pour les autres des semaines d’hospitalisation et des séquelles prolongées.

Oui mais les français sont épuisés qu’il dit. Il est trop tôt qu’il dit.

Alors qu’on est épuisés par 6 de couvre-feu et qu’on sait tous très bien que plus on attend plus il faudra être sévère et plus mal on sera encore.
Et que le bien être psychologique des français ils en ont rien à foutre, ça laisse crever de faim les étudiants balek.
Et je parle même pas de la gestion affligeante et calamiteuse de la vaccination.
Et ça vient visiter les gens à l’hôpital et ça met des tapes sur le dos et ça fait des journées pour les soignants le 17 mars.
Mais franchement qu’ils aillent bouffer le sol.
Ils sont coupables. Coupables de tous les morts du covid qu’on aurait pu éviter, de tous ceux qui ne mourront pas mais qui auront des séquelles, de tous ceux qui vont mourir parce que on ne va pas pouvoir les soigner parce que les lits sur lesquels je suis sensé les prendre sont occupés par des patients qui ont le covid. Ils sont coupables parce qu’ils choisissent sciemment de ne pas prendre les mesures qui s’imposent.
Parce que par IDÉOLOGIE et CALCUL POLITIQUE ils acceptent que des gens crèvent. Parce que pour que les gens travaillent et dépensent et consomment on ne va surtout pas forcer les entreprises à faire du télétravail et on ne va surtout pas fermer les écoles ça bloquerait les parents.
Et on va leur dire que se contaminer c’est un « risque à prendre » parce que l’école « ça permet aux enfants défavorisés de manger à leur faim » comme si ils en avaient quelque chose à foutre alors qu’ils s’en battent les c* des pauvres et de l’école d’habitude.

Et ça OSE venir dire à la télé que notre stratégie est la bonne, qu’on fait mieux que nos voisins.

Ma rage contre eux est incommensurable. J’espère qu’ils répondront de leur inaction criminelle devant la justice.

Le fond de ma pensée envers ces ordures je peux pas le dire ça irait contre les règles de bienséance de ce réseau.

Comment savoir si un expert est vraiment expert ?

Publié le par e-Citizen

Par Lionel Case @lionel_case, membre de Citizen4Science. Microbiologiste. Développeur. Eleveur de Swimming Poules. Combat les charlatans avec des threads. Déteste le bullshit populiste.

Quand les experts scientifiques défilent H24 sur nos écrans et qu’ils affirment, infirment, pérorent, pontifient, et pour finir nous pétrifient sur place, comment discerner le vrai expert du charlatan mousseux ?
Avant-propos : Ceci n’est PAS un exercice de trollage. Ceci est une tentative de mise en perspective, pour aider ceux qui aimeraient trouver des repères de fiabilité dans ce brouhaha ambiant. Des illustrations oui, mais pas d’attaque ad hominem. Que de la science.

Sommaire :
1. Qu’est-ce qui ne définit PAS un expert ?
2. Qu’est-ce qui définit un expert ?
3. « Je suis une spécialiste de l’ARN », le cas d’Alexandra Henrion-Caude
4. Conclusion

1. Qu’est-ce qui ne définit PAS un expert ?

Je suis Docteur, mon H-index est de 120, asseyez-vous et prenez note.
Sondage : dans la phrase précédente, quels termes sont synonymes d’expertise assurée ?
A. Docteur
B. H-index
C. Aucun des deux

Bah aucun des deux en fait. Rien qu’en France, toutes disciplines confondues, il existe des dizaines de milliers de docteurs. Des centaines de nouveaux titres de docteurs sont attribués chaque année. Ces titres sanctionnent de longues études HAUTEMENT SPÉCIALISÉES.
En gros, des gens avec des connaissances pointues qui s’adressent tout au plus à quelques centaines d’experts de leur domaine. Mais qui peuvent également parler de tout, et de rien, à des millions de non-experts, en faisant illusion. Et c’est bien là le problème.
Le H-index, quant à lui, est une mesure composite (et controversée) de la quantité et la qualité d’une vie de recherche (les publications), et de son impact sur la communauté scientifique (les citations).
Mais notez qu’un neurobiologiste peut avoir un H-index faramineux, ça ne le rend pas expert en infectiologie pour autant. Tout comme 8 médailles olympiques de tir à l’arc ne feront pas de cet athlète un basketteur.

2. Qu’est-ce qui définit un expert ?

Un titre et un H-index reflètent (pour faire simple) un niveau relatif et strictement associé à un domaine d’expertise.
Ce sont des contenants, pas des substituts ou des synonymes d’expertise. Comme une valise, l’important est dedans.
Donc ce qui définit un expert c’est la richesse et la qualité de sa contribution DANS UN DOMAINE PRÉCIS.
Et ça se mesure de façon essentiellement qualitative.
Et sur un temps long.
Par exemple, si je suis spécialiste de l’ARN, dans combien de mes travaux trouve-t-on le mot clé « ARN » ? Et quelle est la qualité de ces travaux ? Voyons un exemple précis.

3.« Je suis une spécialiste de l’ARN »: le cas d’Alexandra Henrion-Caude (AHC)

La France compte d’excellents spécialistes de l’ARN : Eric Westhof, Edouard Bertrand, Christiane Branlant, Bertrand Séraphin, Hervé Seitz, Brice Felden, Alain Krol, Edith Heard, Jérôme Cavaillé, Pascale Romby, Henri Grosjean, Jean-Jacques Toulmé, et bien d’autres…
AHC fait-elle partie de ce club sélect ?
Les 1ères publications scientifiques d’AHC (à l’époque Alexandra Henrion) remontent à 1994. Ses premières publications sur l’ARN, par contre, ne débutent qu’en 2008 (revue) ou plutôt 2010, date de son premier article de recherche sur les « microARNs » (miARN ou miRNA).

Puis elle publie plusieurs papiers pendant 5 ans (jusqu’en 2015 donc) et puis…c’est fini.
Donc sur 26 ans de carrière scientifique, elle aura passé 6 ans, soit moins d’1/4 de sa carrière, à bosser sur l’ARN. (pour trouver ses papiers, tuto Pubmed en fin de thread).
Si on compare AHC à d’autres (vrais) spécialistes de l’ARN de sa génération, ça commence à tanguer.
Prenons le D. JC: – né en 1970 (AHC : 1969) – Première publication 1994 (AHC : 1995) – Thèse 1997 (AHC : 1997) – Nbre de publis/H-index du même ordre (restons élégants).

Ce sont des carrières tout à fait comparables. Et honorables. Mais la =/= se trouve ici :

La carrière du Dr JC est entièrement consacrée à l’ARN. 100% de son H-index, c’est l’ARN. Alors qu’AHC est arrivée tard, partie tôt, et a consacré les trois-quart de son temps à autre chose.

Regardons maintenant le détail de la contribution d’AHC au monde de l’ARN.
Le pic de ses publications ARN se trouve en 2012. Sur les 5 publications, 1 seule publication de recherche expérimentale.
Les autres : des revues biblio, des tribunes d’opinion.

Sur l’ensemble de son œuvre dans le monde de l’ARN, soit 15 publications, seules 8 publications de recherche.
Dont seul 3 en dernier auteur (= celui qui supervise les recherches).

https://t.co/qdvn4kytpP?amp=1 (2010)
https://t.co/uMwNXnP4Ti?amp=1 (2011)
https://t.co/uMwNXnP4Ti?amp=1 (2012)
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0020746

Sur ses 3 papiers en dernière auteure, celui de 2011 mérite commentaire. Car, sans rentrer dans les détails techniques, ce papier a tout d’une grosse erreur d’interprétation. Car AHC pense avoir découvert des micro-ARN dans les mitochondries (ce qui aurait été un scoop).

mais lorsqu’on analyse les résultats, ce qu’on voit surtout c des produits de dégradation d’ARNr/ARNt mitochondriaux. Donc des artefacts.
Et AHC a l’air de le savoir, car elle a appelé ses micro-ARN des « mitoMIRs », une façon de dire “ça en est” mais…pas vraiment.

Honnêtement elle aurait dû les appeler “mythoMiR” » (mais passons).. Dernier baroud d’honneur, AHC publie en 2020 un article vraiment WTF sur une histoire d’ARN circulaire et son rôle dans l’origine du monde. Un article signé SimplissimA, sa boîte de l’Ile Maurice.

4. Conclusion

En conclusion, nous vivons une crise Covid éprouvante pour tous, mais apparemment enthousiasmante pour certains. Les experts auto-proclamés vivent une époque dorée. Mais reconnaitre un expert et le qualifier n’est pas si difficile que cela. Il faut juste le vouloir.
Alexandra Henrion-Caude a fait une carrière scientifique honorable, avant de partir en vrille, pour une raison que seule elle connait.
Son expertise en ARN se résume à une poignée d’articles peu impactants en 25 ans, dont elle fait fond de commerce et sur lesquels elle base son argument d’autorité. Elle s’est mise à travailler sur les ARN quand ces derniers sont devenus à la mode, dans la décennie des 2000’s.
Elle est arrivée tard, et partie tôt. Et si son expertise en ARN est modeste, ses compétences en infectiologie sont nulles.
Vous comprendrez maintenant pourquoi elle est capable de dire des énormités telles que « vous m’expliquerez comment le variant breton échappe à la PCR mais pas au vaccin ». Parce qu’un titre et un H-index ne disent RIEN de la compétence d’un chercheur hors de son vrai champ d’expertise.
Au contraire, un « je ne sais pas répondre » est souvent le gage d’un scientifique intègre.

Je remercie les Dr. C et Dr. S “for helpful discussions and comments”.

Vive la Science !

Pour retrouver les papiers d’AHC. Allez dans pubmed et tapez: – Henrion A pour ne pas louper les papiers avant 2002 (référencement par initiale prénom) – Henrion-Caude Alexandra pour avoir tous les papiers après 2002 (et ne pas avoir à trier les “Henrion A” qui ne sont pas elle).
Pubmed :
https://t.co/opKQzURAxO?amp=1


Non il était juste bon le mec. Et il pensait. Vraiment. Et quand il faisait le design expérimental, c’était du Mozart. Bref, tombé dans la science quand il était petit.

Avis de la HAS du 19/3 sur la vaccin AZ : l’évaluation des risques en question

Publié le par e-Citizen

Historique

29/01 : AMMc (conditionnelle) Europe
2/02 : avis HAS = limité < 65 ans car trop peu de données d’étude > 65 ans + priorité soignants et  50-64 ans avec comorbidités
1/03 : avis HAS = extension > 65 ans au vu du complément de données UK vie réelle
11/3 : Début des suspensions en chaîne en Europe pour env. 30 cas de thromboses dont CIVD et TVC au nom du principe de précaution

L’avis de L’EMA

1.Pas d’augmentation du risque global et bénéfice/risque toujours très favorable (nombre d’EI inférieurs aux événements dans la pop générale)
2.Analyse risque sous groupe CIVD ET TVC : au 16/3 (UE+RU) 25 cas =  18 TVC et 7 CIVD avec 9 décès sur 20 M personnes (UE+RU) la plupart < 55 ans et femmes
– France 1 CIVD (F26) et 2 TVC (H51 F24) pour 1,4 M doses
– RU au 18/3, 5 TVC sur 11 M de personnes vaccinées majorité >65 ans

Sur la base de l’incidence (fréquence) des TVC et CIVD dans la pop générale, l’EMA a fait un calcul du nombre attendu de cas dans la population vaccinée AZ et conclut à un signal de pharmacovigilance avec
– risque x 5 pour CIVD
– risque x 8 pour TVC
et tenant compte de l’âge des cas rapportés, que ce signal ne concerne pas les populations âgés.
Conclusion EMA : le lien de causalité avec le vaccin AZ ne peut être exclu.
Recommandation EMA: vaccination peut reprendre sans délai mais « possible surrisque TVC/CIVD chez < 55 ans

L’avis de la HAS

le 19/3, suite à l’avis de l’EMA :

  • La vaccination peut reprendre sans délai
  • Personnes > 54 ans : vaccin AZ car personnes âgées prioritaires sur 2 prochains et non concernées par le signal PV
  • Personnes < 55 ans : vaccin à ARNm (jusqu’à données complémentaires)
  • < 55 ans ayant eu dose 1 de vaccin AZ : l’HAS se positionnera prochainement pour choix du vaccin dose 2 (essais “hétérologues” en cours pour savoir si on peut changer de vaccin) et rappelle le délai de 12 semaines entre les doses (la dose 1 protège 12 semaines)

Analyse critique : des messages brouillés

La HAS a validé le signal de pharmacovigilance émis par l’EMA. Sur cette base, tenant compte de la priorité actuelle de vaccination des > 50 ans, elle propose de réserver le vaccin AZ aux > 54 ans dans le strict respect de l’avis EMA. Elle temporise ainsi, misant sur la possibilité d’interchanger les vaccins pour la dose 2 dans quelques semaines et sans doute sur la disponibilité accrue d’autres vaccins prochainement (livraisons Pfizer, Moderna, et Janssen) avec possibilité d’indications élargies.

Le positionnement est donc : validation du principe de précaution, tout en sécurisant la campagne vaccinale.

Validité du signal de pharmacovigilance

Le signal PV émis par l’EMA est-il fiable ? On ne connaît pas de façon claire l’incidence des événements rares de CIVD/TVC dans la population. Le chiffre de 0,5 % est pris comme référence, mais il est vraisemblablement sous-évalué. La pharmacovigilance renforcée actuelle dans le cadre de la campagne de vaccination permet de détecter des cas qui ne l’auraient pas été en temps normal. Le très faible nombre de cas du fait de la rareté de ces événements donne rapidement des facteurs de multiplication élevés pour les signaux détectés.
Ainsi la fiabilité de ce signal est douteuse. On ne peut conclure qu’à une coïncidence temporelle de la survenue de ces cas avec la vaccination et non de risque augmenté.

L’augmentation du risque et causalité pour ces CIVD/TC restent hypothétiques même pour la population <55 ans.

Rappelons aussi que le risque zéro n’existe pas et que tout médicament possède des effets secondaires.

Application du principe de précaution

Nous en avons parlé à maintes reprises ces derniers jours : le principe de précaution s’applique dans le cadre d’une évaluation globale des risques, la pharmacovigilance et les risques associés au médicament lui-même devant être mis en perspective et mesurés par rapport à d’autres risques :

  • la non-vaccination : ne pas vacciner TUE et concourt à laisser le virus circuler et être hors de contrôle
  • l’impact sociétal : la défiance des citoyens envers la science, les politiques, les industriels, les gouvernants et autorités sanitaires

Malheureusement, ces 2 risques sont bien réels et réalisés, ils se comptent notamment en décès et en séquelles, en saturation du système hospitalier et en déprogrammation d’hospitalisation, en réticence à la vaccination, en développement du complotisme et de la désinformation.

Tout cela est à mettre en balance avec le risque hypothétique d’effet secondaire de thrombose, qui même s’il était réel, serait très minime par rapport au reste, et somme toute un risque d’effet secondaire qui existe pour tout médicament.

Au final, l’avis de la HAS ressemble à un jeu d’équilibriste où on brandit (à nouveau) le principe de précaution sans aucune justification (le risque zéro n’existe pas, absence d’évaluation globale des risques), et où l’on fait des paris sur l’avenir (interchangeabilité des doses, fin de la pénurie de vaccins).
On aurait pu espérer que la Haute Autorité n’entérine pas cette psychose des thromboses irrationnelle à ce stade pour émettre son avis.
Au final, les messages sont brouillés tant pour les scientifiques et professionnels de santé que pour les citoyens.

Ce soir Henria n’est plus

Publié le par e-Citizen

Ce soir Henria n’est plus. Son mari vient de me prévenir par Sms.
Je suis triste. Je viens de perdre cette patiente qui m’était chère, une grande dame comme il ns arrive d’en rencontrer dans notre carrière de médecin. Nous nous sommes rencontrées en 2019, un vendredi soir aux urgences.

Elle venait pour la Nieme fois avec un tableau de constipation. Mais cette fois ça ne passait pas. Le scanner montrait une sténose du sigmoïde avec une occlusion colique d’amont. Il y avait aussi quelques lésions de carcinose. Henria avait eu 1 cancer du col traité 7 ans plus tôt.

En entrant dans sa chambre j’ai vu une femme de 51 ans très élégante. Je lui ai expliqué que quelque chose bloquait, que ça pouvait être plein de choses et qu’il fallait faire une poche.
Quand je l’ai opérée j’ai découvert une maladie généralisée. Je l’ai vite adressée à l’onco pour radio chimio.

On s’est revues pendant son traitement pour un prolapsus de sa stomie que j’ai fini par opérer.
En février 2020, elle est revenue pour de violentes douleurs en rapport avec une rechute.L’onco a voulu reprendre la chimio mais souci uro associé (uretères envahis), ça a traîné…

À chaque fois je faisais le lien avec l’onco. Un jour de mai, elle a beaucoup vomi ; je leur ai dit de venir aux urgences. Le scanner n’était pas bon. L’occlusion touchait l’intestin grêle avec un estomac très gros. Je leur ai annoncé à elle et à son mari qu’elle était condamnée.
Mais qu’on ferait tout pour la faire vivre le plus longtemps et le mieux possible. Les gastro et les radio interventionnels ne voulaient pas faire de gastrostomie avec la stomie déja en place. J’ai donc demandé à une autre équipe qui a accepté. Cela lui a permis de boire et d’évacuer le trop plein.
Elle n’était plus alimentée que par des perfusions. Elle a repris une1 chimio mais les plaquettes chutaient et elle a enchaîné les infections (urinaires, PAC)… on a décidé de lui foutre la paix.
Un week-end d’octobre, son mari m’a alertée par Sms pour de violentes douleurs.
Idem les urgences et là : occlusion de grêle à anse fermée (urgence chir). De 65 kg elle ne faisait plus que 30 kg. J’ai été franche. “Si je ne l’opère pas, elle meurt, si je l’opère, je ne sais pas trop ce que je vais trouver ni pouvoir faire. Elle était prête à y retourner…
J’ai donc opéré, tombant sur une énorme magma tumoral et par chance un morceau de l’anse que j ai réussi à mettre en stomie. La 3e sur ce petit abdomen de 30 kg.
Je l’ai recroisée un midi de novembre dans un resto. Elle buvait un jus de fruits frais. Je la croyais déja partie.

Non Henria a enchaîné les jours avec un courage et une dignité sans pareil. Je suis allée la voir en sortant de mon concours de PH. Elle était en soins pal, souriante comme toujours et pourtant si affaiblie. Je savais au fond de moi que c’était la dernière fois que je la voyais.

Depuis la Covid, j’ai fait je ne sais pas combien de certificats pour sa sœur qui vit en Belgique. J’espère qu’elle était à coté d’elle ce soir. Son mari a été exemplaire très présent, très aimant. Je déconnais souvent avec elle, parlais de tout et de rien, tout en regardant les stomies…

On fait certes un métier de technicien… mais on partage des moments extrêmes avec nos patients aussi bien quand ils sont éveillés que quand on a les mains dans leur ventre. Ils n’en ont pas conscience. Cela vaut il mieux parfois…

Un témoignage de Adeline Vitry @adeline_vitry chirurgienne viscérale – membre de Citizen4Science